signifinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.signifinder

转录的实现癌症的签名

Bioconductor版本:版本(3.17)

signifinder是计算的R包和探索肿瘤的签名。它允许计算各种特征,基于基因表达值,并返回single-sample分数。目前,signifinder包含46个不同的从文献收集的签名,与多种肿瘤和多种癌症的过程。

作者:普Pirrotta (cre, aut),艾瑞卡Calura (aut)

维护人员:普Pirrotta <普。在phd.unipd.it pirrotta >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“signifinder”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“signifinder”)

HTML	R脚本	signifinder装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,GeneExpression,GeneTarget,ImmunoOncology,微阵列,RNASeq,ReportWriting,SingleCell,软件,空间,可视化
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	ggplot2,org.Hs.eg.db拼凑,AnnotationDbi,BiocGenerics,ComplexHeatmapcowplot DGEobj.utils,GSVA,IRanges,SummarizedExperiment,consensusOVdplyr,ensembldb、ggridges、网格magrittr、matrixStats maxstat,方法,露天的,RColorBrewer,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene、统计、生存,survminer、viridis
链接
建议	BiocStyle,kableExtra knitr testthat (> = 3.0.0),刨边机,limma
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/CaluraLab/signifinder
BugReports	https://github.com/CaluraLab/signifinder/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	signifinder_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	signifinder_1.2.1.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	signifinder_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signifinder
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ signifinder
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/signifinder/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/signifinder/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档