签名者

DOI:10.18129 / B9.bioc.signeR

经验贝叶斯方法发现突变签名

Bioconductor版本:版本(3.17)

突变的签名者的包提供了一种经验贝叶斯方法签名的发现。它旨在分析单核苷酸variaton (SNV)计数在癌症基因组,但也可以应用于其他特性。功能描述签名或基因组样本根据曝光模式也提供。

作者:拉斐尔·罗萨莱斯罗德里戈·德拉蒙德,升井Valieris,以色列Tojal达席尔瓦

维护人员:升Valieris <升井。在accamargo.org.br valieris >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“签名者”)

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文档

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HTML	R脚本	签名者
HTML	R脚本	signeRFlow
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文本		新闻

细节

biocViews	GenomicVariation,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,可视化
版本	2.2.1
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.0.2),VariantAnnotation,NMF
进口	BiocGenerics,Biostrings,grDevices类GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRangesnloptr,方法,属性,跑龙套,PMCMRplus,平行,pvclust, ppclust,线索,生存,maxstat, survivalAnalysis,未来,VGAM,质量,kknn, glmnet, e1071 randomForest、ada、未来。运用,ggplot2 pROC, pheatmap、RColorBrewer listenv, reshape2,尺度,survminer, dplyr, ggpubr, cowplot,宠物猫,readr,光泽,shinydashboard, shinycssloaders, shinyWidgets, bsplus, DT, magrittr, tidyr,BiocFileCache代理,rtracklayer,BSgenome
链接	Rcpp RcppArmadillo (> = 0.7.100)
建议	knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/rvalieris/signeR
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	signeR_2.2.1.tar.gz
Windows二进制	signeR_2.2.1.zip
macOS二进制(x86_64)	signeR_2.2.1.tgz
macOS二进制(arm64)	signeR_2.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/签名者
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/signeR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/signeR/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档