shinyepico

DOI:10.18129 / B9.bioc.shinyepico

ShinyEPICo

Bioconductor版本:版本(3.16)

ShinyEPICo是一个图形化管道分析Illumina公司DNA甲基化数组(450 k或史诗)。它允许计算差异甲基化位置和差异甲基化区域在一个用户友好的界面。此外,它包括几个选项出口进行下游分析结果和获取文件。

作者:奥克塔维奥Morante-Palacios (cre, aut)

维护人员:奥克塔维奥Morante-Palacios < octaviompa gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“shinyepico”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“shinyepico”)

HTML	R脚本	shinyepico
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,微阵列,预处理,质量控制,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	AGPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	DT(> = 0.15.0),data.table(> = 1.13.0),doParallel(> = 1.0.0),dplyr(> = 1.0.9),foreach(> = 1.5.0),GenomicRanges(> = 1.38.0),ggplot2(> = 3.3.0),gplots(> = 3.0.0),的热图(> = 1.1.0),limma(> = 3.42.0),minfi(> = 1.32.0),情节(> = 4.9.2),reshape2(> = 1.4.0),rlang(> = 1.0.2中),rmarkdown(> = tripwire),rtracklayer(> = 1.46.0),闪亮的(> = 1.5.0),shinyWidgets(> = 0.5.0),shinycssloaders(> = 0.3.0),shinyjs(> = 1.1.0),shinythemes(> = 1.1.0),statmod(> = 1.4.0),tidyr(> = 1.2.0),邮政编码(> = 2.1.0的)
链接
建议	knitr(> = 1.30.0),mCSEA(> = 1.10.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest,testthat,minfiData
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/omorante/shiny_epico
BugReports	https://github.com/omorante/shiny_epico/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	shinyepico_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	shinyepico_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	shinyepico_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	shinyepico_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/shinyepico
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ shinyepico
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/shinyepico/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/shinyepico/
包下载报告	下载数据