seqArchR

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqArchR

识别序列元素的不同架构

Bioconductor版本:发行版(3.16)

seqArchR能够无监督地发现具有特征序列结构的de novo_集群，这些结构的特征是位置特定的基序或核苷酸延伸的组成，例如cg丰富度。seqArchR不需要任何规范w.r.t.集群的数量，任何单个motif的长度，或motif之间的距离，如果和当它们成对/组出现;它直接从数据中检测到它们。seqArchR使用非负矩阵分解(NMF)作为其主干，并采用基于分块的迭代过程，能够有效地处理大型序列集合。包装器函数用于将集群体系结构可视化为序列标识。

作者:Sarvesh Nikumbh [aut, cre, cph]

维护者:Sarvesh Nikumbh < Sarvesh。Nikumbh在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“seqArchR”)

超文本标记语言	R脚本	在模拟DNA序列上使用_seqArchR_的示例
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，DNASeq，DimensionReduction，FeatureExtraction，GeneRegulation，遗传学，MathematicalBiology，MotifDiscovery，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3 |文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	跑龙套、图形cvTools(> = 0.3.2),质量，矩阵，方法，统计，集群，matrixStats，fpc，cli，prettyunits，reshape2(> = 3),网状(> = 1.22),BiocParallel，BiostringsgrDevices,ggplot2(> = 3.1.1),ggseqlogo(> = 0.1)
链接
建议	cowplot，hopach(> = 2.42.0),BiocStyle，knitr(> = 1.22),rmarkdown(> = 1.12),testthat(> = 3.0.2),covr，vdiffr(> = 0.3.0)
SystemRequirements	Python (>= 3.5)， scikit-learn(>= 0.21.2)，打包
增强了
URL	https://snikumbh.github.io/seqArchR/https://github.com/snikumbh/seqArchR
BugReports	https://github.com/snikumbh/seqArchR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	seqArchR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	seqArchR_1.1.3.zip
macOS二进制文件(x86_64)	seqArchR_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	seqArchR_1.1.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqArchR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/seqArchR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqArchR/
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