seq2pathway

DOI:10.18129 / B9.bioc.seq2pathway

下一代测序数据的功能基因集(或称为通路)分析的新工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Seq2pathway是一种用于下一代测序数据功能基因集(或称为通路)分析的新工具，由“seq2gene”和“gene2path”组件组成。seq2gene将基因组区域的序列水平测量(包括snp或点突变坐标)与基因水平得分联系起来，而gene2pathway将每个样本的基因得分总结为通路得分。seq2基因可以将编码区和非外显子区分配给更广泛的相邻基因，而不仅仅是最近的一个，从而促进了对功能性非编码区的研究。基因通路考虑了与通路外的基因成员相比，通路内基因成员的显著性数量。seq2通路的输出是定量通路水平得分的一般结构，因此可以对RNA-seq、ChIP-seq、GWAS等数据集以及其他下一代测序实验的数据集进行功能解释。

作者:杨新安;王斌

维护者:Arjun Kinstlick

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“seq2pathway”)

PDF	R脚本	序列的R包
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文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	1.30.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.6.2)
进口	nnet，WGCNA，GSA，biomaRt，GenomicRanges，seq2pathway.data
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	seq2pathway_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	seq2pathway_1.30.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	seq2pathway_1.30.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	seq2pathway_1.30.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seq2pathway
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/seq2pathway
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/seq2pathway/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seq2pathway/
软件包下载报告	下载数据