scp

DOI:10.18129 / B9.bioc.scp

基于质谱的单细胞蛋白质组学数据分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

用于操作、处理和分析基于质谱的单细胞蛋白质组学数据的实用函数。该软件包是'QFeatures'软件包的扩展，并依赖于'SingleCellExpirement'来实现单细胞蛋白质组学分析。该包为用户提供了将定量表(由MaxQuant、Proteome Discoverer等生成)处理为数据表以便进行下游分析和数据可视化的功能。

作者:Christophe Vanderaa [aut, cre]，洛朗·加托[au]

维护者:Christophe Vanderaa < Christophe。范德达在uclouvain.be>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scp”)

超文本标记语言	R脚本	scp的高级用法
超文本标记语言	R脚本	使用readSCP加载数据
超文本标记语言	R脚本	简单来说就是功能
超文本标记语言	R脚本	单细胞蛋白质组学数据处理与分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays，GeneExpression，MassSpectrometry，预处理，蛋白质组学，SingleCell，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2.0)，QFeatures(> = 1.3.5)
进口	方法，统计，效用，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，MultiAssayExperiment，MsCoreUtils，matrixStats，S4Vectors，dplyr，magrittr
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown，拼接而成，ggplot2，嫁祸于，嘘，股东价值分析，preprocessCore，vsn，uwot
SystemRequirements
增强了
URL	https://UCLouvain-CBIO.github.io/scp
BugReports	https://github.com/UCLouvain-CBIO/scp/issues
全靠我
进口我
建议我	scpdata
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scp_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	scp_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	scp_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	scp_1.8.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scp
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scp
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scp/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scp/
软件包下载报告	下载数据