scmeth

DOI:10.18129 / B9.bioc.scmeth

函数来进行质量控制分析甲基化数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

函数来分析甲基化数据可以在这里找到。一些功能相关的单个细胞甲基化数据但大多数其他功能可以用于任何甲基化数据。强调这个工作流是全面质量控制报告。

作者:Divy Kangeyan < divyswar01 g.harvard.edu >

维护人员:Divy Kangeyan < divyswar01 g.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scmeth”)

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文档

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细节

biocViews	DNAMethylation,ImmunoOncology,预处理,质量控制,SingleCell,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	knitr rmarkdown,bsseq,AnnotationHub,GenomicRanges,统计reshape2跑龙套,BSgenome,DelayedArray(> = 0.5.15),annotatr,SummarizedExperiment(> = 1.5.6),GenomeInfoDb,Biostrings,DT,HDF5Array(> = 1.7.5)
链接
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,org.Hs.eg.db,Biobase,BiocGenerics、ggplot2 ggthemes
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/aryeelab/scmeth/issues
取决于我
进口我
建议我	biscuiteer
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scmeth_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	scmeth_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scmeth_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scmeth_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scmeth
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scmeth
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scmeth/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scmeth/
包下载报告	下载数据