scmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.scmap

单细胞RNA-seq数据的无监督投影工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

单细胞RNA-seq (scRNA-seq)被广泛用于研究复杂组织的组成，因为该技术允许研究人员使用转录组的无监督聚类来定义细胞类型。然而，由于实验方法和计算分析的差异，直接比较两个不同实验中识别的细胞往往具有挑战性。scmap是一种将scRNA-seq实验中的细胞投射到不同实验中确定的细胞类型或单个细胞上的方法。

作者:Vladimir Kiselev

维护者:Vladimir Kiselev < Vladimir .yu。Kiselev在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“scmap”)

超文本标记语言	R脚本	' scmap '包小插图
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，DataImport，DataRepresentation，GeneExpression，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，测序，SingleCell，软件，SupportVectorMachine，转录，转录组，可视化
版本	1.20.2
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)
进口	Biobase，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，BiocGenerics，S4Vectors，dplyr，reshape2，matrixStats，代理跑龙套,googleVis，ggplot2，方法，统计，e1071，randomForest，Rcpp(> = 0.12.12)
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hemberg-lab/scmap
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/scmap/
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

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源包	scmap_1.20.2.tar.gz
Windows二进制	scmap_1.20.2.zip
macOS二进制文件(x86_64)	scmap_1.20.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)	scmap_1.20.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scmap
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scmap
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scmap/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scmap/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档