评分

doi：10.18129/b9.bioc.scater

用于R中基因表达数据的单细胞分析工具包

生物导体版本：版本（3.15）

用于对单细胞RNA-seq基因表达数据进行各种分析的工具集合，重点是质量控制和可视化。

作者：戴维斯·麦卡锡（Davis McCarthy），基兰·坎贝尔（Kieran Campbell）[aut]，Aaron Lun [AUT，CTB]，Quin Wills [aut]，Vladimir Kiselev [CTB]，Felix G.M.Ernst [CTB]，Alan O'Callaghan [CTB，CRE]

维护者：Alan O'Callaghan

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ scater”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ scater”）

html	R脚本	调查功能概述
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，DataImport，，，，datarepresentation，，，，维度，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，基础设施，，，，正常化，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学，，，，可视化
版本	1.24.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（6年）
执照	GPL-3
要看	Singlecellexperiment，，，，砍伐，，，，GGPLOT2
进口	统计，utils，方法，网格，栅格，，，，矩阵，，，，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，延迟，，，，延迟的matrixstats，，，，beachmat，，，，生物脑，，，，生物兴奋，，，，生物比较，，，，rlang，，，，ggbeeswarm，，，，维里迪斯，，，，RTSNE，，，，rcolorbrewer，，，，rcppml，，，，Ggrepel
链接
建议	生物使用，，，，Biomart，，，，牛仔图，，，，尼特，，，，scrnaseq，，，，鲁棒，，，，rmarkDown，，，，UWOT，，，，测试，，，，pheatmap，，，，Snifter，，，，生物酶
系统要求
增强
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/scater/
BugReports	https://support.bioconductor.org/
取决于我	NetSmooth
进口我	AirPart，，，，BAYESSPACE，，，，催化剂，，，，塞尔达，，，，细胞体，，，，细胞混蛋，，，，染色体，，，，结论，，，，清楚的，，，，火焰，，，，Irisfgm，，，，米娅，，，，迈维兹，，，，马斯喀特，，，，佩科，，，，管道，，，，scdblfinder，，，，scpipe，，，，Sctreeviz，，，，Singlecelltk，，，，西班牙猎狗，，，，空间Heatmap，，，，空间Libd，，，，飞溅，，，，三轮车，，，，VAEXPRS
建议我	APL，，，，Batchelor，，，，Bluster，，，，窖藏，，，，蜂窝轨道，，，，CEPO，，，，Citefuse，，，，畜栏，，，，策划的元素元素，，，，Dittoseq，，，，DuoClustering2018，，，，实验值，，，，FCOEX，，，，ggspavis，，，，glimma，，，，HCADATA，，，，Interactivecomplexheatmap，，，，我明白，，，，iseeu，，，，M3Drop，，，，桅杆，，，，mbkmeans，，，，米洛，，，，miqc，，，，单片，，，，Mudata，，，，mumosa，，，，muscdata，，，，星云，，，，netdx，，，，SC3，，，，Scarray，，，，SCDS，，，，Schex，，，，Schot，，，，Scmerge，，，，烤饼，，，，SCP，，，，斯克兰，，，，屏幕，，，，Simplesinglecell，，，，Singlecellmultimodal，，，，辛格，，，，激流回旋，，，，聚光灯，，，，待机，，，，总结，，，，Tabulamurisdata，，，，tidysinglecellexperiment，，，，特拉维兹，，，，结核，，，，Ucell，，，，Velociraptor，，，，waddr
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	scater_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	scater_1.24.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	scater_1.24.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scater
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/scater
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/scater/
软件包下载报告	下载统计