scRepertoire

DOI:10.18129 / B9.bioc.scRepertoire

单细胞免疫受体分析工具箱

Bioconductor版本:发行版(3.16)

scRepertoire用于处理来自10x Genomics铬免疫分析的t细胞受体(TCR)和免疫球蛋白(Ig)富集工作流程的数据，随后与流行的Seurat和singlecel实验R包相互作用。它还允许在不使用表达信息的情况下对单细胞克隆型信息进行一般分析。该包作为Startrac和powerTCR R包的包装器。

作者:Nick Borcherding [aut, cre]

维护者:Nick Borcherding

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scRepertoire”)

超文本标记语言	R脚本	使用scRepertoire
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，分类，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-2
取决于	ggplot2， r (>= 4.0)
进口	stringdist，dplyr，reshape2，ggalluvial，stringr，素食主义者，powerTCR，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，plyr平行,doParallel，方法，utils，rlang，igraph，ggraph，tidygraph，SeuratObject
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，circlize，尺度，修拉，嘘
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scRepertoire_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	scRepertoire_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	scRepertoire_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	scRepertoire_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scRepertoire
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scRepertoire
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scRepertoire/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scRepertoire/
软件包下载报告	下载数据