scFeatureFilter

DOI:10.18129 / B9.bioc.scFeatureFilter

correlation-based方法单细胞RNAseq质量过滤数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

R实施correlation-based Joshi实验室开发的方法来分析和过滤处理单细胞RNAseq数据。它返回一个过滤版本的数据只包含基因表达值受到系统噪声的影响。

作者:洛杉矶Arzalluz-Luque (aut) Guillaume Devailly (aut (cre) Anagha Joshi (aut)

维护人员:Guillaume Devailly < gdevailly hotmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“scFeatureFilter”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scFeatureFilter”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML R脚本 介绍scFeatureFilter
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneExpression,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,SingleCell,软件
版本 1.20.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 3.6)
进口 dplyr (> = 0.7.3) ggplot2(> =魅惑,magrittr (> = 1.5), rlang(> = 0.1.2),宠物猫(> = 1.3.4),属性,方法
链接
建议 testthat、knitr rmarkdown,BiocStyle,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,scRNAseq,cowplot
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 scFeatureFilter_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 scFeatureFilter_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64) scFeatureFilter_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64) scFeatureFilter_1.19.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scFeatureFilter
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scFeatureFilter
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/scFeatureFilter/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scFeatureFilter/
包下载报告 下载数据

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