scFeatureFilter

DOI:10.18129 / B9.bioc.scFeatureFilter

correlation-based方法单细胞RNAseq质量过滤数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

R实施correlation-based Joshi实验室开发的方法来分析和过滤处理单细胞RNAseq数据。它返回一个过滤版本的数据只包含基因表达值受到系统噪声的影响。

作者:洛杉矶Arzalluz-Luque (aut) Guillaume Devailly (aut (cre) Anagha Joshi (aut)

维护人员:Guillaume Devailly < gdevailly hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scFeatureFilter”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scFeatureFilter”)

HTML	R脚本	介绍scFeatureFilter
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,SingleCell,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	dplyr (> = 0.7.3) ggplot2(> =魅惑,magrittr (> = 1.5), rlang(> = 0.1.2),宠物猫(> = 1.3.4),属性,方法
链接
建议	testthat、knitr rmarkdown,BiocStyle,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,scRNAseq,cowplot
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scFeatureFilter_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	scFeatureFilter_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	scFeatureFilter_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scFeatureFilter_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scFeatureFilter
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scFeatureFilter
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scFeatureFilter/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scFeatureFilter/
包下载报告	下载数据