scDD

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDD

单细胞RNA-seq数据的混合建模与微分分布识别基因

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个方案实现了一个方法来分析单细胞RNA - seq数据利用灵活的狄利克雷过程混合模型。分布差异表达基因分为几个有趣的模式两种情况之间的差异。包还包括函数模拟数据与这些模式从负二项分布。

作者:基冈Korthauer (cre, aut)

维护人员:基冈Korthauer <基冈在stat.ubc.ca >

从内部引用(R,回车引用(“scDD”)):

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scDD”)

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细节

biocViews 贝叶斯,聚类,DifferentialExpression,ImmunoOncology,MultipleComparison,RNASeq,SingleCell,软件,可视化
版本 1.24.0
Bioconductor自 BioC 3.5 (r - 3.4)(6年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 字段、mclustBiocParallel离群值,ggplot2EBSeq、手臂、SingleCellExperiment,SummarizedExperimentgrDevices,图形,统计数据,S4Vectors,食物
链接
建议 BiocStyle、knitr gridExtra
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/kdkorthauer/scDD
BugReports https://github.com/kdkorthauer/scDD/issues
取决于我
进口我
建议我 飞溅
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 scDD_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 scDD_1.24.0.zip
macOS二进制(x86_64) scDD_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64) scDD_1.23.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDD
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scDD
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/scDD/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scDD/
包下载报告 下载数据

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