scBubbletree

DOI:10.18129 / B9.bioc.scBubbletree

定量的视觉探索scRNA-seq数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

scBubbletree是视觉的量化方法探索scRNA-seq数据。它保留scRNA-seq的生物学意义的属性数据,如当地和全球细胞的距离,以及密度分布的细胞样本。scBubbletree是可伸缩的,避免了overplotting问题,可以想象不同细胞属性源自multiomic单细胞实验。重要的是,重要的是,scBubbletree是易于使用和集成流行的scRNA-seq数据分析方法。

作者:单Kitanovski (aut (cre)

维护人员:单Kitanovski < simokitanovski gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scBubbletree”)

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文档

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browseVignettes (“scBubbletree”)

HTML	R脚本	用户手册:scBubbletree
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,RNASeq,SingleCell,软件,转录组,可视化
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	reshape2,未来,未来。申请,猿,尺度,修拉、ggplot2ggtree拼凑,代理,方法、统计基础,跑龙套
链接
建议	BiocStyleknitr testthat,集群,SingleCellExperiment
SystemRequirements	Python (> = 3.6), leidenalg (> = 0.8.2)
增强了
URL	https://github.com/snaketron/scBubbletree
BugReports	https://github.com/snaketron/scBubbletree/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scBubbletree_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	scBubbletree_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scBubbletree_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scBubbletree_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scBubbletree
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scBubbletree
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scBubbletree/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scBubbletree/
包下载报告	下载数据