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scAlign
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DOI:10.18129 / B9.bioc.scAlign
一种单细胞基因组学的比对与整合方法
Bioconductor版本:发行版(3.16)
一种无监督的深度学习方法，用于跨数据集(条件、组织、物种)的组学数据(例如基因表达)中的每个细胞差异的数据对齐、集成和估计。参见Johansen and Quon (2019)
作者:纳尔逊·约翰森[aut, cre]，杰拉德·昆[aut]
维护者:Nelson Johansen
引文(从R内，输入引用(“scAlign”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“scAlign”)
| R脚本 | alignment_tutorial | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DimensionReduction，NeuralNetwork，SingleCell，软件，转录组 |
| 版本 | 1.11.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.6)，SingleCellExperiment(> = 1.4),修拉(> = 2.3.4),tensorflow，purrr，irlba，Rtsne，ggplot2，方法，utils，模糊神经网络 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，testthat |
| SystemRequirements | Python (< 3.7)， tensorflow |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/quon-titative-biology/scAlign |
| BugReports | https://github.com/quon-titative-biology/scAlign/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | scAlign_1.11.0.tar.gz |
| Windows二进制 | scAlign_1.11.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | scAlign_1.11.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scAlign |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scAlign |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/scAlign/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scAlign/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
