土星
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DOI:10.18129 / B9.bioc.satuRn
批量和单细胞rna测序应用中差异转录本使用的可扩展分析
Bioconductor版本:发行版(3.16)
satuRn为执行差异转录本使用情况分析提供了一个高性能和可扩展的框架。该软件包由三个主要功能组成。第一个函数fitDTU拟合准二项式广义线性模型，该模型模拟不同兴趣组的转录本使用情况。第二个函数testDTU测试感兴趣的组之间转录本的使用差异。最后，plotDTU可视化感兴趣的组中的转录本的使用概要。
作者:Jeroen Gilis [aut, cre]， Kristoffer Vitting-Seerup [ctb]， Koen Van den Berge [ctb]， Lieven Clement [ctb]
维护者:杰伦·吉利斯<杰伦。Gilis在ugent, be>
引文(从R内，输入引用(“土星”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("satuRn")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“土星”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 土星-小插图 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression，ExperimentalDesign，GeneExpression，MultipleComparison，RNASeq，回归，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 4.1) |
| 进口 | locfdr，SummarizedExperiment，BiocParallel，limma，pbapply，ggplot2，引导，矩阵，统计，方法，图形 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，testthat，covr，BiocStyle，AnnotationHub，ensembldb，刨边机，DEXSeq，经验丰富的人，DelayedArray |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/statOmics/satuRn |
| BugReports | https://github.com/statOmics/satuRn/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | SpliceWiz |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | satuRn_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | satuRn_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | satuRn_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | satuRn_1.5.4.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/satuRn |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/satuRn |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/satuRn/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
