rifi

DOI:10.18129 / B9.bioc.rifi

“rifi”分析由微阵列或RNAseq创建的利福平时间序列数据

Bioconductor版本:发行版(3.16)

“rifi”分析由微阵列或RNAseq创建的利福平时间序列数据。“rifi”是一种转录组数据分析工具，用于全面识别转录和衰变相关过程。每个探针/容器都拟合了衰减常数和衰减开始的延迟。随后，通过动态编程将具有相同属性的探针/箱组合成片段，独立于现有的基因组注释。这允许在一个注释基因中检测不同稳定性的转录片段或转录事件。除了经典的衰变常数/半衰期分析，“rifi”还可以检测处理位点、转录暂停位点、操纵子中的内部转录起始位点、操纵子中的部分转录终止位点，通过碰撞机制识别可能的转录干扰区域，并给出转录速度的估计。所有数据被整合以给出连续转录单位，即操纵子的估计。生成了完整基因组结果的综合输出表和可视化以及所有探针/箱的个体适合度。

作者:Loubna Youssar [aut, ctb]， Walja Wanney [aut, ctb]， Jens Georg [aut, cre]

维护者:Jens Georg < Jens。葛格在生物学。uni-freiburg.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“rifi”)

超文本标记语言	R脚本	基于高分辨率微阵列或RNA-seq数据的Rifi衰减估计
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneRegulation，微阵列，RNASeq，回归，软件，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.2)
进口	车，cowplot，doMC平行,dplyr，蛋，foreach，ggplot2，图形，grDevices，网格，方法，nls2，nnet，rlang，S4Vectors，尺度统计数据,stringr，SummarizedExperiment，宠物猫，rtracklayer，reshape2,跑龙套
链接
建议	DescTools，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/CyanolabFreiburg/rifi
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构建报告

包档案

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源包	rifi_1.2.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)	rifi_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	rifi_1.1.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rifi
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rifi
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rifi/
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