rgsepd

DOI:10.18129 / B9.bioc.rgsepd

基因集富集/投影显示

Bioconductor版本:发行版(3.16)

R/GSEPD是R的生物信息学包，通过自动化差异表达(使用DESeq2)，然后是基因集富集(使用GOSeq)，最后是n维投影来量化每个样本在哪些方面与任何治疗组相似，从而帮助消除转录组样本的歧义(RNA-Seq计数在转录id处的矩阵)。

作者:卡尔·斯塔姆

维护者:Karl Stamm < Karl。Stamm在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rgsepd”)

PDF	R脚本	rgsepd包简介
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，RNASeq，软件
版本	1.30.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2.0)，DESeq2，goseq(> = 1.28)
进口	gplots，biomaRt，org.Hs.eg.db，GO.db，SummarizedExperiment，AnnotationDbi
链接
建议	引导、工具、BiocGenerics，knitr，xtable
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	rgsepd_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	rgsepd_1.30.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	rgsepd_1.30.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	rgsepd_1.30.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rgsepd
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rgsepd
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rgsepd/
软件包下载报告	下载数据