1版本信息

R版本: R版本4.2.1 (2022-06-23)
Bioconductor版本: 3.16
包版本: 1.25.0

2示例工作流

下面的代码演示了一个典型的R / Bioconductor会话。它使用了军事革命affy包来预处理Affymetrix数组，而limma评估差异表达包。

#加载包库(affy) # Affymetrix预处理库(limma) #双色预处理;差异# expression ## import“表型”数据，描述实验设计file("extdata"， "pdata.txt"， package="arrays")) ## RMA归一化celfiles <- system. txt;file("extdata"， package="arrays") eset <- justRMA(表型数据=表型数据，celfile.path=celfiles)

##警告:替换之前的导入'AnnotationDbi::tail'由'utils::tail'当##加载'hgfocuscdf'

##警告:替换之前的导入'AnnotationDbi::head'由'utils::head'当##加载'hgfocuscdf'

# #

##差异表达式combn <- factor(paste(pData(phenoData)[，1]， pData(phenoData)[，2]， sep = "_")) design <- model.matrix(~combn) #描述模型拟合拟合<- lmFit(eset，设计)#拟合每个探针集到模型efit <- eBayes(fit) #经验贝叶斯调整topTable(efit, coef=2) #差异表达探针集表

## logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B ## 204582_s_at 3.468416 10.150533 39.03471 1.969915e-14 1.732146e-10 19.86082 ## 211548_s_at -2.325670 7.178610 -22.73165 1.541158e-11 6.775701e-08 15.88709 ## 216598_s_at 1.936306 7.692822 21.73818 2.658881e-11 7.793180e-08 15.48223 ## 211110_s_at 3.157766 7.909391 21.19204 3.62521616e -11 7.969130e-08 15.24728 ## 206001_at -1.590732 12.402722 -18.64398 1.715422e-10 3.016740e-07 14.01955 ## 202409_at 3.274118 6.704989 17.72512 3.156709e-10 4.626157e-0713.51659 ## 221019_s_at 2.251730 7.104012 16.34552 8.353283e-10 1.049292e-06 12.69145 ## 204688_at 1.813001 7.125307 14.75281 2.834343e-09 3.115297e-06 11.61959 ## 205489_at 1.240713 7.552260 13.62265 7.264649e-09 10.76948 ## 209288_s_at -1.226421 7.603917 -13.32681 9.401074e-09 7.784531e-06 10.53327

由更完整的分析得出的顶表，在第7章中描述Bioconductor案例研究，如下所示。该表列举了Affymetrix探针，两个实验组之间的对数倍差异，所有样本的平均表达量，描述差异表达的t统计量，差异的未调整和调整显著性(在这种情况下控制错误发现率)，以及对数比值比。这些结果可用于进一步的分析和注释。

ID logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B 636_g_at 1.10 9.20 9.03 4.88e-14 1.23e-10 21.29 39730_at 1.15 9.00 8.59 3.88e-13 4.89e-10 13.91 1674_at 1.43 5.00 7.05 4.55e-10 2.87e-07 12.67 40504_at 1.18 4.24 6.66 2.57e-09 1.30e-06 11.03 40202_at 1.78 8.62 6.39 8.62e-09 3.63e-06 9.89 37015_at 1.68 4.47 5.97 5.38e-08 1.70e-05 8.16 37034_at 1.35 8.44 5.81 1.10e-07 3.08e-05 7.49 37403_at 1.12 5.09 5.48 4.27e-071.08 e-04 6.21

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3.安装和使用

遵循bob 体育网址 开始使用这些包。你可以安装affy而且limma如下:

如果(!"BiocManager" %in% rownames(installed.packages()) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("affy"， "limma")， dependencies=TRUE)

要安装其他包，例如与Affymetrix Human Genome U95A 2.0相关的注释，请使用

BiocManager::安装(“hgu95av2.db”,依赖关系= TRUE)

每次R安装只需要安装一次包。的/packagesfull列表可用的包．

使用affy而且limma包，计算命令

库(affy)库(“limma”)

这些命令在每个R会话中都需要使用一次。

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4探索包装内容

包具有广泛的帮助页面，并包括突出显示常见用例的小插图。在r中可以使用帮助页和小插图。在加载包后，使用如下语法

帮助(包=“limma”)? topTable

属性的帮助的概述limma软件包，以及topTable功能,

browseVignettes(包=“limma”)

要查看小插图(提供更全面的包功能介绍)，请参见limma包中。使用

help.start ()

打开包含全面帮助资源的网页。

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5预处理的资源

以下是对预处理有用的包的简要概述。更全面的工作流可以在文档中找到(可从包的描述)和Bioconductorbob 网址 ．

sessionInfo ()

## R版本4.2.1(2022-06-23)##平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)##运行在Ubuntu 20.04.5 LTS ## ##矩阵产品:默认## BLAS: /home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/R/lib/libRblas。/home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/R/lib/libRlapack。所以## ## locale: ## [1] LC_CTYPE=en_US。UTF-8 LC_NUMERIC= c# # [3] LC_TIME=en_GB LC_COLLATE= c# # [5] LC_MONETARY=en_US。utf - 8 LC_MESSAGES = en_US。UTF-8 ## [7] LC_PAPER=en_US。UTF-8 LC_NAME= c# # [9] LC_ADDRESS=C lc_phone = c# # [11] LC_MEASUREMENT=en_US。UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C ## ##附加的基础包:## [1]stats graphics grDevices utils datasets methods基础## ##其他附加包:## [1]hgfocuscdf_2.18.0 affy_1.75.0 Biobase_2.57.3 ## [4] BiocGenerics_0.43.4 limma_3.53.11 arrays_1.25.0 ## [7] BiocStyle_2.25.0 ## ##通过命名空间加载(且未附加):## [1] Rcpp_1.0.9 GenomeInfoDb_1.33.17 XVector_0.37.1 ## [4] bslib_0.4.0 compiler_4.2.1 BiocManager_1.30.19 ## [7] jquerylib_0.1.4 bitops_1.0-7 tools_4.2.1 ## [13] memoise_2.0.1 jsonlite_1.8.3 evaluate_0.17 ## [13] RSQLite_2.2.18 preprocessCore_1.59.0 png_0.1-7 ## [19] rlang_1.0.6 cli3.4.1 DBI_1.1.3 ## [25] GenomeInfoDbData_1.2.9 httr_1.4.4 string_1 .4.1 ## [28] knitr_1.40 Biostrings_2.65.6 IRanges_2.31.2 ### #［3.1］ S4Vectors_0.35.4 vctrs_0.5.0 sass_0.4.2 ## [34] stats4_4.2.1 bit64_4.0.5 R6_2.5.1 ## [37] AnnotationDbi_1.59.1 rmarkdown_2.17 bookdown_0.29 ## [40] blob_1.2.3 magrittr_2.0.3 htmltools_0.5.3 ## [43] KEGGREST_1.37.3 stringi_1.7.8 RCurl_1.98-1.9 ## [46] cachem_1.0.6 crayon_1.5.2 affyio_1.67.0