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simpleSingleCell
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DOI:10.18129 / B9.bioc.simpleSingleCell
使用Bioconductor对单细胞RNA-seq数据进行低级分析的逐步工作流程
Bioconductor版本:发布(3.12)
曾经是一个令人自豪的工作流包，现在它只是以前的一个外壳。它的几乎所有内容都被用于https://osca.bioconductor.org上的《用生物导体编排单细胞分析》一书中。这里的大多数小插曲被保留下来，作为曾经辉煌的提醒，也提供了指向相关OSCA书籍章节的现有外部链接的重定向。
作者:Aaron Lun, Davis McCarthy, John Marioni
维护人员:阿伦伦<无限。猴子。with。键盘在gmail.com >
引用(从R中，输入引用(“simpleSingleCell”)):
安装
要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("simpleSingleCell")
对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:
browseVignettes(“simpleSingleCell”)
| 超文本标记语言 | 01.介绍 | |
| 超文本标记语言 | 02.读计数数据 | |
| 超文本标记语言 | 03.UMI计数数据 | |
| 超文本标记语言 | 04.Droplet-based数据 | |
| 超文本标记语言 | 05.纠正批处理效果 | |
| 超文本标记语言 | 06.质量控制细节 | |
| 超文本标记语言 | 07.在归一化 | |
| 超文本标记语言 | 08.检测对比 | |
| 超文本标记语言 | 09.先进的方差模型 | |
| 超文本标记语言 | 10.检测微分表达式 | |
| 超文本标记语言 | 11.先进的批处理校正 | |
| 超文本标记语言 | 12.大数据的可扩展性 | |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 13.进一步分析策略 |
细节
| biocViews | ImmunoOncologyWorkflow,SingleCellWorkflow,工作流 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | |
| 进口 | 跑龙套、方法knitr,callr,rmarkdown,CodeDepends,BiocStyle |
| 链接 | |
| 建议 | readxl,R.utils,SingleCellExperiment,嘘,食物,limma,BiocFileCache,org.Mm.eg.db |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/simpleSingleCell/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 |
包档案
遵循bob 体育网址 在你的R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | simpleSingleCell_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13 (High Sierra) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simpleSingleCell |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ simpleSingleCell |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/simpleSingleCell/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
