测序

DOI:10.18129 / B9.bioc.sequencing

序列数据生物导体简介

生物导体版本:发布(3.12)

生物导体能够分析和理解高通量基因组数据。我们有大量的包,允许对大数据进行严格的统计分析,同时记住技术工件。Bioconductor帮助用户将他们的分析结果置于生物环境中,并提供丰富的可视化机会。可重复性是生物导体分析的一个重要目标。例如,使用Bioconductor可以进行不同类型的分析;测序:RNASeq、ChIPSeq、变体、拷贝数等;微阵列:表达、SNP等;领域特异性分析:流式细胞术、蛋白质组学等。对于这些分析,通常需要导入和使用不同的与序列相关的文件类型,包括fasta、fastq、BAM、gtf、bed和wig文件等等。Bioconductor包支持导入、通用和高级序列操作操作,如微调、转换和校准,包括质量评估。

作者:Sonali Arora [aut], Martin Morgan [aut], Bioconductor Package Maintainer [cre]

Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>

引文(从R中输入引用(测序)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!require ("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("sequencing")

有关较旧版本的R,请参阅适当的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(测序)

超文本标记语言 R脚本 序列数据生物导体简介

细节

biocViews BasicWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本 1.14.0
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.3.0),GenomicRanges,GenomicAlignments,Biostrings,Rsamtools,ShortRead,BiocParallel,rtracklayer,VariantAnnotation,AnnotationHub,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14
进口
链接
建议 knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/sequencing/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 sequencing_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sequencing
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/测序
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/sequencing/
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