测序
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DOI:10.18129 / B9.bioc.sequencing
序列数据生物导体简介
生物导体版本:发布(3.12)
生物导体能够分析和理解高通量基因组数据。我们有大量的包，允许对大数据进行严格的统计分析，同时记住技术工件。Bioconductor帮助用户将他们的分析结果置于生物环境中，并提供丰富的可视化机会。可重复性是生物导体分析的一个重要目标。例如，使用Bioconductor可以进行不同类型的分析;测序:RNASeq、ChIPSeq、变体、拷贝数等;微阵列:表达、SNP等;领域特异性分析:流式细胞术、蛋白质组学等。对于这些分析，通常需要导入和使用不同的与序列相关的文件类型，包括fasta、fastq、BAM、gtf、bed和wig文件等等。Bioconductor包支持导入、通用和高级序列操作操作，如微调、转换和校准，包括质量评估。
作者:Sonali Arora [aut]， Martin Morgan [aut]， Bioconductor Package Maintainer [cre]
Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>
引文(从R中输入引用(测序)):
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("sequencing")
有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(测序)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 序列数据生物导体简介 |
细节
| biocViews | BasicWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.3.0),GenomicRanges,GenomicAlignments,Biostrings,Rsamtools,ShortRead,BiocParallel,rtracklayer,VariantAnnotation,AnnotationHub,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/sequencing/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | sequencing_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13 (High Sierra) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sequencing |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/测序 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/sequencing/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
