rnaseqGene

DOI:10.18129 / B9.bioc.rnaseqGene

RNA-seq工作流程:基因水平的探索分析和差异表达

生物导体版本:发布(3.12)

在这里，我们使用Bioconductor软件包通过端到端基因水平RNA-seq差异表达工作流。我们将从FASTQ文件开始，展示这些是如何与参考基因组对齐的，并准备一个计数矩阵，计算每个样本中每个基因的rna测序reads/fragments的数量。我们将进行探索性数据分析(EDA)进行质量评估，并探索样本之间的关系，进行差异基因表达分析，并直观地探索结果。

作者:Michael Love

维护者:Michael Love

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install("rnaseqGene")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rnaseqGene”)

超文本标记语言

R脚本

基因层面的rna测序工作流程

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.14.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),BiocStyle,气道(> = 1.5.3)更正,tximeta,magrittr,DESeq2,apeglm,vsn,dplyr,ggplot2,hexbin,pheatmap,RColorBrewer,PoiClaClu,glmpca,ggbeeswarm,genefilter,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,ReportingTools,Gviz,股东价值分析,RUVSeq,裂变
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/rnaseqGene/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	rnaseqGene_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnaseqGene
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rnaseqGene
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rnaseqGene/
包下载报告	下载数据