recountWorkflow

DOI:10.18129 / B9.bioc.recountWorkflow

重新描述工作流程:使用Bioconductor获取超过70,000份人类rna测序样本

生物导体版本:发布(3.12)

该资源由7万多份经过统一处理的人类rna测序样本组成，这些样本跨越TCGA和SRA，包括GTEx。处理后的数据可以通过recte2网站和rectebioconductor软件包访问。该工作流程详细说明了如何使用重新计票包，以及如何将其与其他Bioconductor软件包集成，以便使用重新计票资源进行若干分析。特别地，我们描述了在rect2中如何计算覆盖率计数矩阵，以及获得公共元数据的不同方式，这可以促进下游分析。循序渐进的指导展示了如何做基因水平差异表达分析，可视化基本水平基因组覆盖数据，并执行多特征水平的分析。因此，这个工作流提供了进一步的信息来理解rect2中的数据，并提供了一个R代码的概要来使用数据。

作者:Leonardo Collado-Torres, Abhinav Nellore, Andrew E. Jaffe

维护者:Leonardo Collado-Torres

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" remotworkflow ")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“recountWorkflow”)

超文本标记语言	R脚本	重新描述工作流程:使用Bioconductor获取超过70,000份人类rna测序样本
文本		新闻

细节

biocViews	ResourceQueryingWorkflow,工作流
版本	1.14.1
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	重新计票,GenomicRanges,limma,刨边机,DESeq2,regionReport,clusterProfiler,org.Hs.eg.db,gplots,derfinder,GenomicState,bumphunter,derfinderPlot
链接
建议	BiocStyle,BiocWorkflowTools,knitr,sessioninfo,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/recountWorkflow
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/recountWorkflow/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	recountWorkflow_1.14.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recountWorkflow
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ recountWorkflow
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/recountWorkflow/
包下载报告	下载数据