蛋白质组学

DOI:10.18129 / B9.bioc.proteomics

质谱和蛋白质组学数据分析

Bioconductor版本:版本(3.12)

这个工作流程说明了R / Bioconductor蛋白质组学的基础设施。主题集中在支持开放社区驱动的格式的原始数据和识别结果,包peptide-spectrum匹配、数据处理和分析。

作者:洛朗与(aut (cre)

维修工:Laurent与<劳伦。与在uclouvain.be >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“蛋白质组学”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“蛋白质组学”)

HTML

R脚本

R / Bioc蛋白质组学工作流

细节

biocViews	ImmunoOncologyWorkflow,ProteomicsWorkflow,工作流
版本	1.14.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),mzR,mzID,MSnID,MSnbase,rpx,MLInterfaces,pRoloc,pRolocdata,MSGFplus,的方式,hpar
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/help/workflows/proteomics/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	proteomics_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proteomics
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/蛋白质组学
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/proteomics/
包下载报告	下载数据