Biocometiond版本:释放(3.12)
在本文中,我们使用生物孔封装来穿过端到端的Affymetrix微阵列差动表达式工作流程。该工作流程直接适用于当前的“基因”型号,例如,阵列。Hugene或Mogene阵列,但很容易适应类似的平台。这里分析的数据是典型的临床微阵列数据集,其将发炎和非发炎的结肠组织与两种疾病亚型进行比较。对于每种疾病,分析了发炎和非发炎的结肠组织之间的差异基因表达。我们将从原始数据CEL文件开始,展示如何将它们导入生物导体表达,进行质量控制和归一化以及最终差异基因表达(DE)分析,然后进行一些富集分析。
作者:Bernd Klaus [Aut],Stefanie Reisenauer [Aut,CRE]
维护者:Stefanie Reisenauer
引文(从R内,输入引文(“Maendtoend”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
if(!percennamespace(“biocmanager”,squilly = true))install.packages(“biocmanager”)biocmanager ::安装(“maendtoend”)
对于旧版本,请参阅相应的生物导体释放。
要查看系统中安装此包版本的文档,请启动r并输入:
Browsevignettes(“Maendtoend”)
HTML. | r script. | 使用Affymetrix微阵列的差异基因表达的结束工作流程 |
文本 | 消息 |
Biocviews. | GeneexpressionWorkflow.那工作流程 |
版本 | 2.10.1 |
执照 | MIT +文件许可证 |
依靠 | r(> = 3.5.0),BioBase.那oligoclasses.那ArrayExpress.那pd.hugene.1.0.st.v1那hugene10sttranscriptcluster.db.那oligo.那ArrayqualityMetrics.那林马那顶点那反弹那ClusterProfiler.那贡献那ggplot2.那Geneplotter.那Pheatmap.那rcolorbrewer.那dplyr.那Tidyr.那stringr.那MatrixStats.那Genefilter.那OpenXLSX.那rghrachviz那纪念碑 |
进口 | |
链接到 | |
建议 | 生物焦那kn那devtools.那RAMAMAMDOW. |
系统要求 | |
加强 | |
URL. | https://www.biocumon.org/help/workflows/ |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接给我 |
跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。
源包 | maendtoend_2.10.1.tar.gz. |
Windows二进制文件 | |
Macos 10.13(高塞拉) | |
源存储库 | git clone https://git.biocumon.org/packages/maendtoend. |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.biocondudard.org:包裹/ maendtoend |
包短网址 | https://biocumon.org/packages/maendtoend/ |
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