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liftOver
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DOI:10.18129 / B9.bioc.liftOver
用rtracklayer::liftOver改变基因组坐标系统
生物导体版本:发布(3.12)
与UCSC浏览器跟踪基础设施联合开发的liftOver设施可用于GRanges格式的数据转换。这里是EBI/NHGRI GWAS目录的图片，该目录截至2017年5月10日，其坐标由NCBI build hg38定义。
作者:Bioconductor Package Maintainer [aut, cre]
Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>
引文(从R中输入引用(“liftOver”)):
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("liftOver")
有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“liftOver”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 用rtracklayer::liftOver改变基因组坐标系统 |
细节
| biocViews | BasicWorkflow,工作流 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.3.0),gwascat,GenomicRanges,rtracklayer,Homo.sapiens,BiocGenerics |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/liftOver/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | liftOver_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13 (High Sierra) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/liftOver |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ liftOver |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/liftOver/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
