氟化物学
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doi：10.18129/b9.bioc.fluentgenomics
plyranges和tximeta工作流程
生物导体版本：版本（3.12）
使用plyranges和tximeta包进行的扩展工作流程进行流利的基因组数据分析。使用tximeta正确导入RNA-Seq转录本定量，并将其汇总到基因计数以进行下游分析。使用plyranges清楚地表达对基因组坐标的操作，并结合差异表达和差异可访问性分析的结果。
作者：Stuart Lee [AUT，CRE]
，迈克尔·洛夫[AUT，CTB]
维护者：Stuart Lee
引用（从r内，输入引用（“荧光基因组”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ fluentgenomics”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ FulentGenomics”）
| html | R脚本 | 氟化物学 |
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | BasicWorkFlow，，，，geneexpressionworkflow，，，，工作流程 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | R（> = 4.0） |
| 进口 | plyranges（> = 1.7.7），dplyr，，，，总结性特征，，，，readr，统计，utils |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown，，，，预订，，，，Rappdirs，，，，Biocfilecache，，，，deseq2，，，，林玛，，，，GGPLOT2，，，，花花公子，，，，tximeta（> = 1.4.2），巨噬细胞（> = 1.2.0） |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/sa-lee/fluentgenomics |
| BugReports | https://github.com/sa-lee/fluentgenomics/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | fluentgenomics_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| MacOS 10.13（高山脉） | |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fluentgenomics |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/fluentgenomics |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/fluentgenomics/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
