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csawUsersGuide
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DOI:10.18129 / B9.bioc.csawUsersGuide
csaw用户指南
生物导体版本:发布(3.12)
用于检测ChIP-seq数据中差异绑定区域的csaw包的用户指南。描述如何读取BAM文件以获得每个窗口的计数矩阵、过滤以获得感兴趣的高丰度窗口、对特定于样本的偏差进行归一化、测试差异绑定、对每个窗口结果进行合并以获得每个区域的统计数据、以及DB结果的注释和可视化。
作者:Aaron Lun
维护者:Aaron Lun
引文(从R中输入引用(“csawUsersGuide”)):
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!安装BiocManager::install("csawUsersGuide")
有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“csawUsersGuide”)
| R脚本 | 用户指南 |
细节
| biocViews | EpigeneticsWorkflow,工作流 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | csaw,chipseqDBData,刨边机,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,org.Mm.eg.db,rtracklayer,Rsamtools,Gviz,knitr,BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | csawUsersGuide_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13 (High Sierra) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csawUsersGuide |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ csawUsersGuide |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/csawUsersGuide/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
