singscoreamlmutations.

DOI：10.18129 / b9.bioc.singscoreamlmutations.

使用Singscore从转录组签名中预测AML中的突变

Biocometiond版本：释放（3.12）

此工作流包显示转录组签名如何用于推断成本型。工作流程首先显示如何使用TCGabiolinks包下载和处理TCGA AML转录组数据。然后，它显示如何使用Singscore包和MsigdB的签名来评分样本。最后，示出了预测AML中特定突变的上下文中得分的预测能力。工作流表现出生物导体包装的相互作用以实现基因设定水平分析。

作者：DHARMESH D. BHUVA [AUT，CRE]，momeneh foroutan [aut]，yi xie [aut]，ruqian lyu [aut]，约瑟夫cursons [aut]，Melissa J. Davis [Aut]

维护者：Dharmesh D. Bhuva

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“singscoreamlmutations”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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HTML.	r script.	使用Singscore从转录组签名中预测AML中的突变
HTML.	r script.	使用Singscore从转录组签名中预测AML中的突变（中文版）
文本		消息

细节

Biocviews.	GeneexpressionWorkflow.那GenomicvariantsWorkflow.那免疫系统工作流程那工作流程
版本	1.6.0
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.6.0）
进口	dcanr.那edger.那ggplot2.那格拉底那GSEABASE.那蒙链那org.hs.eg.db.那普利尔那重塑2.那rtracklayer.那斯嘉西尔那概括分析那tcgabiolinks.
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那生物焦那Biocwoodflowtools.那拼写
系统要求
加强
URL.	https://github.com/davislaboratory/singscoreamlmutations.
Bugreports.	https://github.com/davislaboratory/singscoreamlmutations/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	singscoreamlmutations_1.6.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/singscoreamlmutations.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ singscoreamlmutations
包短网址	https://biocumon.org/packages/singscoreamlmutations/
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