- 家
- Biocumon 3.12.
- 工作流包
- rnaseqgeneedgerql.
rnaseqgeneedgerql.
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI：10.18129 / b9.bioc.rnaseqgeneedgerql.
基因级RNA-SEQ差异表达和途径分析使用RSUBREAD和Edger准可能性管道
Biocometiond版本：释放（3.12）
该工作流程包通过其Vignette提供了使用RSubread和Edger封装的RNA-SEQ实验的完整案例研究分析。工作流程从读取对齐开始，并继续到数据探索，以差异表达，最后，达到途径。分析包括出版质量图，GO和KEGG分析，以及由先前实验产生的表达签名的分析。
作者：云顺陈，亚伦伦，戈登·斯密
维护者：云顺陈<玉辰在威氏省>
引文（从R内，输入引文（“rnaseqgeneedgerql”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：
if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“rnaseqgeneedgerql”）
对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。
文件
要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：
BROWSEVIGNETTES（“RNASEQGENEDGERQL”）
| HTML. | r script. | 从读到基因到途径：使用rsubread和edger准可能性管道的RNA-SEQ实验的差异表达分析 |
细节
| Biocviews. | GeneexpressionWorkflow.那免疫系统工作流程那工作流程 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 执照 | 艺术-2.0 |
| 依靠 | r（> = 3.3.0），edger.那贡献那org.mm.eg.db.那go.db.那生物焦 |
| 进口 | |
| 链接到 | |
| 建议 | kn那kniTcitations. |
| 系统要求 | |
| 加强 | |
| URL. | http://f1000research.com/articles/5-1438. |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接给我 |
包档案包
跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。
| 源包 | rnaseqgeneedgerql_1.14.0.tar.gz. |
| Windows二进制文件 | |
| Macos 10.13（高塞拉） | |
| 源存储库 | git clone https://git.biocumon.org/packages/rnaseqgeneedgerql. |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.biocondion.org：包/ rnaseqgeneedgerql |
| 包短网址 | https://biocumon.org/packages/rnaseqgeneedgerql// |
| 包裹下载报告 | 下载统计信息 |
