RNAseq123

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNAseq123

RNA-seq分析很容易，就像1-2-3与limma, Glimma和edgeR

Bioconductor版本:发布(3.12)

R包，支持f1000研究工作流程文章的RNA-seq分析，使用limma, Glimma和edgeR by Law等人(2016)。

作者:Charity Law, mother Alhamdoosh, Su Shian, Dong Xueyi, Luyi Tian, Gordon Smyth和Matthew Ritchie

维护人员:Matthew Ritchie

安装

要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RNAseq123")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“RNAseq123”)

超文本标记语言	R脚本	基因表达实验设计矩阵创建指南(英文版)
超文本标记语言	R脚本	用limma, Glimma和edgeR分析RNA-seq就像1-2-3一样简单(中文版本)
超文本标记语言	R脚本	用limma, Glimma和edgeR进行RNA-seq分析就像1-2-3一样简单(英文版)

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.14.2
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),Glimma(> = 1.1.9),limma,刨边机,gplots,RColorBrewer,Mus.musculus,R.utils,TeachingDemos,statmod,BiocWorkflowTools
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://f1000research.com/articles/5-1408/v3
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	RNAseq123_1.14.2.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNAseq123
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RNAseq123
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RNAseq123/
包下载报告	下载数据