GeoMxWorkflows

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeoMxWorkflows

GeoMx数字空间分析器(DSP)数据分析工作流程

Bioconductor版本:发行版(3.15)

与NanoString Technologies GeoMx Technology使用的工作流程。Package提供以生物导体为中心的工作流，用于利用现有的包(例如GeomxTools)来处理、QC和分析数据。

作者:Jason Reeves [cre, aut]， Prajan Divakar [aut]， Nicole Ortogero [aut]， Maddy Griswold [aut]， Zhi Yang [aut]， Stephanie Zimmerman [aut]， Rona Vitancol [aut]， Henderson David [aut]

维护者:nanostring.com>的Jason Reeves

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" geomxworkflow ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GeoMxWorkflows”)

超文本标记语言	R脚本	使用GeomxTools分析GeoMx-NGS数据
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow，ImmunoOncologyWorkflow，SpatialWorkflow，工作流
版本	1.2.0
许可证	麻省理工学院
取决于	R (>= 4.0)，NanoStringNCTools，GeomxTools
进口	Biobase，S4Vectors，rjson，readxl，EnvStats，dplyr，reshape2，方法，utils，统计，data.table，离群值，BiocGenerics，ggplot2，ggrepel，ggforce，cowplot，尺度，umap，Rtsne，pheatmap，BiocStyle
链接
建议	rmarkdown，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GeoMxWorkflows_1.2.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GeoMxWorkflows
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ geomxworkflow
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeoMxWorkflows/
软件包下载报告	下载数据