Exphuntersuite
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doi：10.18129/b9.bioc.exphuntersuite
用于全面分析转录组数据的软件包
生物导体版本：版本（3.13）
Exphuntersuite实现了使用已建立的 * r *软件包分析转录数据并结合结果的综合协议。它涵盖了RNA-Seq数据的DEG检测，CEG检测和功能分析中的所有关键步骤。它已被实现为包含可以交互性运行的功能的R软件包。此外，它还包含包装功能的脚本，可以直接从命令行运行。
作者：詹姆斯·珀金斯[AUT，CRE]
，Pedro Seoane Zonjic [aut]，Fernando Moreno Jabato [AUT]，JoséCórdobaCaballero[aut]，Elena Rojano Rivera [AUT]，Rocio Bautista Moreno [aut]，M。GonzaloClaros [AUT]，Isabel Gonzalez Gayte [aut]，JuanAntonioGarcíaRanea[aut]
维护者：詹姆斯·珀金斯（James Perkins）
引用（从r内，输入引用（“ Exphuntersuite”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ exphuntersuite”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Exphuntersuite”）
| html | R脚本 | 表达猎人套房 |
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | geneexpressionworkflow，，，，工作流程 |
| 版本 | 1.0.0 |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | R（> = 4.1.0） |
| 进口 | Reactomepa，，，，林玛，，，，EDGER，，，，Noingsq，，，，Biomart，，，，topgo，，，，clusterProfiler，，，，diffcoepp，，，，DT，，，，GGPLOT2，，，，Stringr，，，，WGCNA，，，，dplyr，，，，AnnotationDbi，，，，生物基因，，，，富集，，，，rmarkDown，统计生物酶，，，，deseq2，，，，rocr，，，，Data.Table，，，，尼特，，，，马格里特，，，，总结性特征，，，，Mirbaseconverter，，，，pbapply，grdevices，图形，utils，生物比较，，，，Mkinfer，，，，矩阵，，，，rlang，，，，plyr，，，，花花公子 |
| 链接 | |
| 建议 | Optparse，，，，表演，，，，Naivebayes，，，，RESHAPE2，，，，TCC，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | exphuntersuite_1.0.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| MacOS 10.13（高山脉） | |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exphuntersuite |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/exphuntersuite |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/exphuntersuite/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
