CageWorkflow.

DOI:10.18129 / b9.bioc.cageworkflow.

使用R / Biocumons分析笼数据的逐步指南

Biocometiond版本:释放(3.12)

用于分析基因表达式(笼子)数据的工作流程使用R / Biocumons。

作者:Malte Thodberg [Aut,Cre]

维护者:Malte Thodberg

引文(从R内,输入引文(“CageWorkflow”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

if(!quancamespace(“biocmanager”,静静= true))install.packages(“biocmanager”)biocmanager ::安装(“cageworkflow”)

对于旧版本,请参阅相应的生物导体释放

文件

要查看系统中安装此包版本的文档,请启动r并输入:

BROWSEVIGNETTES(“CAGEWORKFLOW”)

HTML. r script. CageWorkflow.
文本 消息

细节

Biocviews. AnnotationWorkflow.GeneexpressionWorkflow.工作流程
版本 1.6.0
执照 GPL-3
依靠 r(> = 3.6.0),CageFightr.纳米管子
进口
链接到
建议 knkableextraRAMAMAMDOW.生物焦Biocwoodflowtools.Pheatmap.ggseqlogo.viridis.Magrittr.Ggforce.ggthemes.俗苯.dplyr.Genomicranges.概括分析基因组法生物相投互动GVIZ.deseq2.林马edger.Statmod.百瑞德SVA.TFBStools.motifmatchr.Pathview.bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9.txdb.mmusculus.ucsc.mm9.knowngene.org.mm.eg.db.jaspar2016PNG.
系统要求
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包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包 cageworkflow_1.6.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13(高塞拉)
源存储库 git clone https://git.biocumon.org/packages/cageworkflow.
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.biocondion.org:包/笼式工作流
包短网址 https://biocumon.org/packages/cageworkflow/
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