scRNAseq 2.12.0
的scRNAseq包以的形式提供了对几个公开可用数据集的方便访问SingleCellExperiment对象。这个包的重点是捕获不容易读入R的数据集，例如，read.csv ()．相反，我们做必要的数据修改，这样用户只需要调用一个函数就可以获得一个格式良好的数据SingleCellExperiment．例如:
library(scRNAseq) fluidigm <- ReprocessedFluidigmData() fluidigm##类:singlecel实验实验## dim: 26255 130 ##元数据(3):sample_info群集，其中w_qc ## assays(4): tophat_counts cufflinks_fpkm rsem_counts rsem_tpm ## rownames(26255): A1BG A1BG- as1…ZZEF1 ZZZ3 ## rowData names(0): ## colnames(130): SRR1275356 SRR1274090…SRR1275366 SRR1275261 ## colData names(28): NREADS NALIGNED…Cluster1 Cluster2 reducedDimNames(0): ## mainExpName: NULL ## altExpNames(0):读者请参阅SummarizedExperiment而且SingleCellExperiment有关如何使用的进一步信息的文档SingleCellExperiment对象。
的listDatasets ()函数返回中所有可用的数据集scRNAseq，以及一些汇总统计信息和必要的R命令来加载它们。
out <- listDatasets()| 参考 | 分类 | 部分 | 数量 | 调用 |
|---|---|---|---|---|
| 阿兹特金等人(2019) | 非洲爪蟾蜍 | 尾巴 | 13199 | AztekinTailData () |
| 巴赫等人(2017) | 鼠标 | 乳腺 | 25806 | BachMammaryData () |
| Bacher等人(2020) | 人类 | T细胞 | 104417 | BacherTCellData () |
| 巴伦等人(2016) | 人类 | 胰腺 | 8569 | BaronPancreasData(人类) |
| 巴伦等人(2016) | 鼠标 | 胰腺 | 1886 | BaronPancreasData(鼠标) |
| Bhaduri等人(2020) | 人类 | 皮质瀑样 | 242349 | BhaduriOrganoidData () |
| 比特纳等人(2015) | 鼠标 | 胚胎干细胞 | 288 | BuettnerESCData () |
| （?？?） | 人类 | 造血干和祖细胞 | 5183 | BunisHSPCData () |
| 坎贝尔等人(2017) | 鼠标 | 大脑 | 21086 | CampbellBrainData () |
| Chen et al. (2017) | 鼠标 | 大脑 | 14437 | ChenBrainData () |
| Darmanis et al. (2015) | 人类 | 大脑 | 466 | DarmanisBrainData () |
| 恩斯特等人(2019) | 鼠标 | 睾丸 | 68937 | ErnstSpermatogenesisData () |
| 弗莱彻等人(2017) | 鼠标 | 嗅觉上皮细胞 | 616 | FletcherOlfactoryData () |
| Grun等人(2016) | 鼠标 | 造血干细胞 | 1915 | GrunHSCData () |
| Grun等人(2016) | 人类 | 胰腺 | 1728 | GrunPancreasData () |
| Giladi等人(2018) | 鼠标 | 造血干细胞 | 81024 | GiladiHSCData(模式=“rna”) |
| He et al. (2020) | 人类 | 各种器官 | 84363 | HeOrganAtlasData () |
| 赫尔曼等人(2018) | 鼠标 | 精子发生的细胞 | 2325 | HermannSpermatogenesisData () |
| Hu et al. (2017) | 鼠标 | 皮质 | 48000 | HuCortexData () |
| Kolodziejczyk等人(2015) | 鼠标 | 胚胎干细胞 | 704 | KolodziejczykESCData () |
| 洁莎等人(2019) | 鼠标 | 大脑 | 61595 | JessaBrainData () |
| 拉曼诺等人(2016) | 人类 | 胚胎干细胞 | 1715 | LaMannoBrainData(“人类胚胎”) |
| 拉曼诺等人(2016) | 人类 | 胚胎中脑 | 1977 | LaMannoBrainData(“人类胚胎”) |
| 拉曼诺等人(2016) | 人类 | 诱导多能干细胞 | 337 | LaMannoBrainData(人类“诱导多能性”) |
| 拉曼诺等人(2016) | 鼠标 | 成年多巴胺能神经元 | 243 | LaMannoBrainData(“mouse-adult”) |
| 拉曼诺等人(2016) | 人类 | embyronic中脑 | 1907 | LaMannoBrainData(“老鼠胚胎”) |
| 劳勒等人(2017) | 人类 | 胰腺 | 638 | LawlorPancreasData () |
| 莱德戈等人(2018) | 人类 | 骨髓浆细胞 | 51840 | LedergorMyelomaData () |
| Leng等(2015) | 人类 | 胚胎干细胞 | 460 | LengESCData () |
| 伦等(2017) | 鼠标 | 416 b细胞 | 192 | LunSpikeInData (416 b) |
| 伦等(2017) | 鼠标 | 滋养层 | 192 | LunSpikeInData(“tropho”) |
| Macosko等人(2015) | 鼠标 | 视网膜 | 49300 | MacoskoRetinaData () |
| 马哈塔等人(2014) | 鼠标 | 辅助T细胞 | 96 | ReprocessedTh2Data () |
| Mair等人(2020) | 人类 | 外周血单个核细胞 | 29033 | MairPBMCData () |
| Kotliarov等人(2020) | 人类 | 外周血单个核细胞 | 58654 | KotliarovPBMCData () |
| 马奎斯等人(2016) | 鼠标 | 大脑 | 5069 | MarquesBrainData () |
| 梅斯默等人(2019) | 人类 | 胚胎干细胞 | 1344 | MessmerESCData () |
| 穆拉罗等人(2016) | 人类 | 胰腺 | 3072 | MuraroPancreasData () |
| Nestorowa等人(2016) | 鼠标 | 造血干细胞 | 1920 | NestorowaHSCData () |
| 诺瓦科夫斯基等人(2017) | 人类 | 皮质 | 4261 | NowakowskiCortexData () |
| Paul et al. (2015) | 鼠标 | 造血干细胞 | 10368 | PaulHSCData () |
| 花粉等(2014) | 人类 | 皮质 | 65 | ReprocessedFluidigmData () |
| 花粉等(2015) | 人类 | 外放射状神经胶质 | 367 | PollenGliaData () |
| 理查德等人(2018) | 鼠标 | CD8+ T细胞 | 572 | RichardTCellData () |
| 罗曼诺夫等人(2017) | 鼠标 | 大脑 | 2881 | RomanovBrainData () |
| Segerstolpe等人(2016) | 人类 | 胰腺 | 3514 | SegerstolpePancreasData () |
| Shekhar等人(2016) | 鼠标 | 视网膜 | 44994 | ShekharRetinaData () |
| Stoeckius等人(2018) | 鼠标 | 外周血单个核细胞 | 50000 | StoeckiusHashingData(模式=“老鼠”) |
| Stoeckius等人(2018) | 人类 | 外周血单个核细胞 | 50000 | StoeckiusHashingData(模式=‘人类’) |
| Stoeckius等人(2018) | 人类 | HEK, THP1, K562, KG1细胞 | 30000 | StoeckiusHashingData(类型=“混合”) |
| Usoskin et al. (2015) | 鼠标 | 大脑 | 864 | UsoskinBrainData () |
| Tasic等人(2016) | 鼠标 | 大脑 | 1809 | TasicBrainData () |
| Tasic等人(2016) | 鼠标 | 视觉皮层 | 379 | ReprocessedAllenData () |
| Wu et al. (2019) | 鼠标 | 肾脏 | 17542 | WuKidneyData () |
| Xin等(2016) | 人类 | 胰腺 | 1600 | XinPancreasData () |
| Zeisel et al. (2015) | 鼠标 | 大脑 | 3005 | ZeiselBrainData () |
| Zeisel等人(2018) | 鼠标 | 神经系统 | 160796 | ZeiselNervousData () |
| Zhao et al. (2020) | 人类 | 肝免疫细胞 | 68100 | ZhaoImmuneLiverData () |
| Zhong et al. (2018) | 人类 | 前额叶皮层 | 2394 | ZhongPrefrontalData () |
| Zilionis等人(2019) | 人类 | 肺 | 173954 | ZilionisLungData () |
| Zilionis等人(2019) | 鼠标 | 肺 | 17549 | ZilionisLungData(鼠标) |
如果原始数据集没有提供Ensembl注释，我们可以将标识符映射为运用= TRUE．任何没有对应的Ensembl标识符的基因都将从数据集中被丢弃。
- ZeiselBrainData(ensembl=TRUE) head(rownames(sce))##[1]“ensmusg00000029669”“ensmusg00000046982”“ensmusg00000039735”##[4]“ensmusg00000033453”“ensmusg00000046798”“ensmusg00000034009”函数也有位置= TRUE参数加载到基因坐标中。
sce <- ZeiselBrainData(ensemble =TRUE, location=TRUE) head(rowRanges(sce))GRanges对象有6个范围和2个元数据列:# # seqnames范围链| featureType # # < Rle > < IRanges > < Rle > | <人物> # # ENSMUSG00000029669 6 21771395 - 21852515 |内生# # ENSMUSG00000046982 18 84011627 - 84087706 |内生# # ENSMUSG00000039735 3 122538719 - 122619715 |内生# # ENSMUSG00000033453 9 30899155 - 30922452 |内生# # ENSMUSG00000046798 5 5489537 - 5514958 |内生# # ENSMUSG00000034009 3 79641611 - 79737880 |内生# # originalName # # <人物> # # ENSMUSG00000029669 Tspan12 # #ENSMUSG00000039735 Fnbp1l ## ENSMUSG00000033453 Adamts15 ## ENSMUSG00000046798 Cldn12 ## ENSMUSG00000034009 Rxfp1 ## ------- # seqinfo: GRCm38基因组118个序列(1个循环)如果您希望将数据集添加到此包中，请与我们联系。唯一的要求是数据集具有公开可用的表达式值(理想情况下是计数)和示例注释。格式越难/自定义越好，因为它包含在这个包中将为R/Bioconductor社区的其他用户提供更多的价值。
如果您已经编写了处理所需数据集的代码SingleCellExperiment-like形式，我们将欢迎一个拉请求在这里．确保你有以下文件可以加快这个过程:
本月/脚本/ make-X-Y-data。限制型心肌病类的所有组件的Rmarkdown报告SingleCellExperiment．X应该是相关研究第一作者的姓氏吗Y应该是生物系统的名字。本月/脚本/ make-X-Y-metadata。R，一个R脚本，在本月/ extdata / metadata-X-Y.csv．中描述的元数据文件格式ExperimentHub文档。R / XYData。R，一个定义函数的R源文件XYData ()从ExperimentHub下载组件，并创建一个SingleCellExperiment对象。建议潜在的贡献者检查包中的一些现有脚本，以了解编码约定。请记住，我们更有可能接受那些与我们自己写的东西没有区别的贡献!
阿兹特金，C.， T. W.希斯科克，J. C.马里奥尼，J. B.戈登，B. D.西蒙斯和J. Jullien, 2019。“在非洲爪蟾尾巴中发现再生组织细胞。”科学364(6441): 653-58。
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