systemPipeRdata

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeRdata

systemPipeRdata:工作流模板和示例数据

Bioconductor版本:发布(3.15)

systemPipeRdata是一个用单个命令生成NGS工作流模板的帮助包，这些模板打算被它的父包systemPipeR使用。后者是为下一代序列(NGS)应用(如RNA-Seq, RIBO-Seq, ChIP-Seq, VAR-Seq等)构建端到端分析管道的环境。使用systemPipeRdata的详细示例在systemPipeR的概述小插图中给出。

作者:托马斯·吉克

维护者:托马斯·吉克<托马斯。网址ucr。edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("systemPipeRdata")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“systemPipeRdata”)

超文本标记语言	R脚本	systemPipeRdata:工作流模板和示例数据
超文本标记语言	R脚本	WF: ChIP-Seq工作流模板
超文本标记语言	R脚本	WF:核糖核酸序列工作流程模板
超文本标记语言	R脚本	RNA-Seq工作流程模板
超文本标记语言	R脚本	VAR-Seq模板
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细节

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版本	2.0.1
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	方法,Biostrings，BiocGenerics，jsonlite，遥控器
链接
建议	GenomicFeatures，GenomicRanges，IRanges，Rsamtools，ShortRead，rtracklayer，RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown，systemPipeR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/tgirke/systemPipeRdatahttps://systempipe.org/
这取决于我
进口我	RNASeqR
建议我	systemPipeR，systemPipeShiny
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	systemPipeRdata_2.0.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeRdata
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/systemPipeRdata
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeRdata/
软件包下载报告	下载数据