msigdb

DOI:10.18129 / B9.bioc.msigdb

一个用于分子特征数据库(MSigDB)的实验ub包

Bioconductor版本:发布(3.15)

这个包提供了分子特征数据库(MSigDB)在一个R可访问的对象。签名存储在GSEABase包的GeneSet类对象中，整个数据库存储在GeneSetCollection对象中。这些数据随后被托管在ExperimentHub上。本包中使用的数据来自博德研究所的MSigDB。每个基因集的元数据与基因集一起存储在GeneSet类对象中。

作者:Dharmesh D. Bhuva [aut, re]，戈登·k·史密斯[aut]亚历山德拉·加纳姆[奥特]

维护者:Dharmesh D. Bhuva < Bhuva。D . wehi.edu.au b>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("msigdb")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“msigdb”)

超文本标记语言	R脚本	msigdb
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文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.4.0
许可证	Cc 4.0
取决于	R (>= 4.1)
进口	ExperimentHub跑龙套,GSEABase，org.Mm.eg.db，org.Hs.eg.db，AnnotationDbi，方法，统计，AnnotationHub
链接
建议	singscore，vissE，knitr，prettydoc，BiocStyle，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),BiocFileCache，GO.db，stringr，limma
SystemRequirements
增强了
URL	https://davislaboratory.github.io/msigdb
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/msigdb/issues
这取决于我
进口我	vissE
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	msigdb_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msigdb
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/msigdb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msigdb/
软件包下载报告	下载数据