裂变

doi:10.18129/b9.bioc.fission

Leong等人,Nat Commun,2014年,触发裂变酵母的时间疗程RNA-seq的范围。

生物导体版本:版本(3.15)

该软件包为时间过程中的读取计数提供了一个远程膜的透明度对象,以响应于0、15、30、60、60、120和180分钟的氧化应激(1M山梨糖醇处理)的裂变酵母(schizosacachomyces pombe)。样品进一步分配在野生型组和删除ATF21的基团之间。读数计数矩阵是由研究作者准备并提供的:Leong HS,Dawson K,Wirth C,Li Y,Connolly Y,Smith DL,Wilkinson CR,Miller CJ。“全球非编码RNA系统可根据应力调节裂变酵母蛋白水平”。Nat Commun 2014 5月23日; 5:3947。PMID:24853205。GEO:GSE56761。

作者:迈克尔·洛夫

维护者:迈克尔·洛夫(Michael Love)

引用(从r内,输入引用(“裂变”)):

安装

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if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ Fission”)

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文档

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html R脚本 裂变酵母时间课程
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细节

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源包 fission_1.16.0.tar.gz
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源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fission
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/裂变
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/fession/
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