生物导体版本:版本(3.13)
该软件包提供了来自癌症基因组图集(TCGA)的公开数据作为多亚sayExexperiment对象。MultiasSayExexperiment将多个测定(例如RNA-Seq,拷贝数,突变,microRNA,蛋白质等)与临床 /病理数据集成在一起。它还将测定条形码与患者识别剂联系起来,从而在整个多'杂志实验中实现了行(特征)和列(患者 /样品)的统一子集。
作者:Marcel Ramos [Aut,Cre],Levi Waldron [CTB],Lucas Schiffer [CTB],Ludwig Geistlinger [CTB],Valerie Obenchain [CTB],Martin Morgan [CTB]
维护者:Marcel Ramos
引用(从r内,输入引用(“策展”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ cutatedtcgadata”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
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browsevignettes(“策展”)
html | R脚本 | 策展 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 |
版本 | 1.14.0 |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | r(> = 3.5.0),多亚sayExexperiment |
进口 | AnnotationHub,,,,实验室,,,,HDF5Array, 方法,S4VECTORS,统计总结性特征,UTILS |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,尼特,,,,破烂的经历,,,,readr,,,,rmarkDown,,,,tcgautils,,,,测试 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/waldronlab/curatedtcgadata/issues |
取决于我 | |
进口我 | amaretto,,,,Bioconcotk |
建议我 | cnvranger,,,,DCE,,,,装饰,,,,Glmsparsenet,,,,netdx,,,,tcgautils |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | 策展tcgadata_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
MacOS 10.13(高山脉) | |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/curatedtcgadata |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/curatedtcgadata |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/curatedtcgadata/ |
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