策展

doi:10.18129/b9.bioc.curatedtcgadata

来自癌症基因组图集(TCGA)的策划数据作为多亚sayexpperiment对象

生物导体版本:版本(3.13)

该软件包提供了来自癌症基因组图集(TCGA)的公开数据作为多亚sayExexperiment对象。MultiasSayExexperiment将多个测定(例如RNA-Seq,拷贝数,突变,microRNA,蛋白质等)与临床 /病理数据集成在一起。它还将测定条形码与患者识别剂联系起来,从而在整个多'杂志实验中实现了行(特征)和列(患者 /样品)的统一子集。

作者:Marcel Ramos [Aut,Cre],Levi Waldron [CTB],Lucas Schiffer [CTB],Ludwig Geistlinger [CTB],Valerie Obenchain [CTB],Martin Morgan [CTB]

维护者:Marcel Ramos

引用(从r内,输入引用(“策展”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ cutatedtcgadata”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

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browsevignettes(“策展”)

html R脚本 策展
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文本 消息

细节

生物浏览 bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载
版本 1.14.0
执照 艺术2.0
要看 r(> = 3.5.0),多亚sayExexperiment
进口 AnnotationHub,,,,实验室,,,,HDF5Array, 方法,S4VECTORS,统计总结性特征,UTILS
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,破烂的经历,,,,readr,,,,rmarkDown,,,,tcgautils,,,,测试
系统要求
增强
URL
BugReports https://github.com/waldronlab/curatedtcgadata/issues
取决于我
进口我 amaretto,,,,Bioconcotk
建议我 cnvranger,,,,DCE,,,,装饰,,,,Glmsparsenet,,,,netdx,,,,tcgautils
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 策展tcgadata_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉)
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/curatedtcgadata
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/curatedtcgadata
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/curatedtcgadata/
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