雏形

doi：10.18129/b9.bioc.nestlink

嵌套r数据包，用于通过工程肽条形码进行指导，以对结合蛋白质团的深入分析

生物导体版本：版本（3.15）

提供下一代测序（NGS）和质谱（MS）样本数据，代码片段和用于开发雏鸟的复制材料。雀巢链接方法是一种蛋白质粘合剂的选择和识别技术，能够一次生物物理地表征数千个图书馆成员，而无需在过程的任何阶段处理单个克隆。在功能基因组学中心的NGS和MS平台上获取数据。

作者：Pascal Egloff [aut]，Iwan Zimmermann [CTB]，Fabian M. Arnold [CTB]，Cedric A.J.哈特[CTB]，Lennart Opitz [AUT，CRE]，露西·佩奇达[CTB]，Hans-Anton Keserue [CTB]，Christian Panse [AUT，CTB]，Bernd Roschitzki [aut]，马库斯·塞格[aut]

维护者：lennart opitz

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ ntdlink”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“雏形”）

html	R脚本	0.模拟飞码属性。
html	R脚本	1.通过NGS过滤链接高质量的飞码和纳米序列。
html	R脚本	2.使用ESP和SSRC预测分析蝇码可检测性
html	R脚本	3.使用F255744比较预测和观察到的疏水性值。
html	R脚本	4.控制实验，以评估通过飞码检测蛋白质检测的鲁棒性（NMETH-A35040Suppl。Notes1）。
html	R脚本	5. make-data
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.12.0
执照	GPL
要看	r（> = 3.6），AnnotationHub（> = 2.15），实验室（> = 1.0），生物弦（> = 2.51），GPLOTS（> = 3.0），PROTVIZ（> = 0.4），Shortread（> = 1.41）
进口	Grdevices，图形，统计，UTILS
链接
建议	生物使用（> = 2.2），DT，，，，GGPLOT2，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，规格，，，，格子，，，，秤
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	NESTLINK_1.12.0.TAR.GZ
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nestlink
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/雏形
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/nestlink/
软件包下载报告	下载统计