这个包是弃用。它可能会从生物导体中取出。请参考包装终止指南了解更多信息。
生物导体版本:版本(3.13)
从NCBI DBSNP构建中提取的HOMO SAPIENS的SNP位置和等位基因137.该软件包使用的源数据文件是由NCBI于2012年6月7日至8日创建的,并包含用于参考Genome GRCH37.P5的SNP。警告:请注意,GRCH37.P5基因组是GRCH37的修补版本,但该补丁不会改变染色体1-22,X,Y,MT。GRCH37本身与来自UCSC *的HG19基因组相同,但对于线粒体染色体除外。因此,该软件包中的SNP可以在bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19中“注入”,它们将降落在正确的位置,但该注入将排除CHRM(即,该序列中不会注入任何内容)。重要说明:此软件包已弃用。请根据最新的DBSNP构建使用SNPLOCS数据包(例如,构建144或构建149)。您可以调用R从R中调用BSGENOME :: able.snps()以获取可用的SNPLOCS数据软件包的列表。
作者:Herve页面
维护者:H。页面
引用(从r内,输入引用(“ snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
参考手册 |
生物浏览 | bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 |
版本 | 0.99.11 |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | r(> = 2.10),iranges,,,,基因组机,,,,BSGENOME(> = 1.25.6) |
进口 | 方法,utils,iranges,,,,基因组机,,,,BSGENOME |
链接 | |
建议 | 生物弦,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19(> = 1.3.19) |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | Motifbreakr |
链接到我 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608_0.99.11.tar.gz |
Windows二进制 | |
MacOS 10.13(高山脉) | |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608/ |
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