snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608

doi:10.18129/b9.bioc.snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608

这个包是弃用。它可能会从生物导体中取出。请参考包装终止指南了解更多信息。

HOMO SAPIENS的SNP位置(DBSNP Build 137)

生物导体版本:版本(3.13)

从NCBI DBSNP构建中提取的HOMO SAPIENS的SNP位置和等位基因137.该软件包使用的源数据文件是由NCBI于2012年6月7日至8日创建的,并包含用于参考Genome GRCH37.P5的SNP。警告:请注意,GRCH37.P5基因组是GRCH37的修补版本,但该补丁不会改变染色体1-22,X,Y,MT。GRCH37本身与来自UCSC *的HG19基因组相同,但对于线粒体染色体除外。因此,该软件包中的SNP可以在bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19中“注入”,它们将降落在正确的位置,但该注入将排除CHRM(即,该序列中不会注入任何内容)。重要说明:此软件包已弃用。请根据最新的DBSNP构建使用SNPLOCS数据包(例如,构建144或构建149)。您可以调用R从R中调用BSGENOME :: able.snps()以获取可用的SNPLOCS数据软件包的列表。

作者:Herve页面

维护者:H。页面>

引用(从r内,输入引用(“ snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

PDF 参考手册

细节

生物浏览 bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载
版本 0.99.11
执照 艺术2.0
要看 r(> = 2.10),iranges,,,,基因组机,,,,BSGENOME(> = 1.25.6)
进口 方法,utils,iranges,,,,基因组机,,,,BSGENOME
链接
建议 生物弦,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19(> = 1.3.19)
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我 Motifbreakr
链接到我

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608_0.99.11.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉)
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608/
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