在复杂研究设计中,样本间的相关结构可以分解为多个维度变异的贡献。variancePartition提供一个统计和可视化框架来解释变化的来源。在这里,我描述了单个基因样本之间相关结构的可视化。

在主插图中描述的示例数据集中,样本是相关的,因为它们可以来自同一个人或同一组织。这个函数plotCorrStructure ()并给出了各变量引起的相关结构和联合相关结构。图1显示了来自同一个体的样本之间的相关性,其中(a)为基于相关矩阵聚类排序的样本,(b)为原始顺序。图1 c)和d)显示了同一类型的图,只是演示了组织的效果。个体和组织相关矩阵相加得到的总相关结构如图2所示。生成这些图的代码如下所示。

图方差结构