最近出版的基准和整合资源的人类转录因子的评估活动TF /目标基因关系提供了一个有用的管理分为五个类别的信心。我们选择一个高信心(得分“A”)从这个数据集关系这个案例研究:GATA1 NFE2的红细胞生成的监管。我们将使用trena“发现”这种关系,trena的必要条件但不是充分证据的价值。
造血作用(血细胞的生产)包括两个子过程:红细胞生成(红细胞生源论)和megakaryopoiesis(巨核细胞和血小板)。这些流程已经深入研究了几十年了,有了更多了解这些过程的复杂和分级监管的区别。GATA1,身材高大,KLF1 NFE2的下岗通知对碘氧基苯甲醚的转录因子参与。
基准数据集两个研究报告[ref1 ref2]报告转录调节NFE2 GATA1。此外,高山等人,2010年报告说,“在巨核细胞,GATA1缺乏降低下岗通知表达约50%,表明GATA1-dependent和独立监管的下岗通知基因。“我们缺乏精确的知识erythropoieis监管网络的复杂性,但是引用研究强烈建议监管相结合的GATA1 NFE2 erythropoieis。