| 摘要{siggenes} | R文档 |
总结了EBAM分析对于一个给定的值δ。计算通用统计等的数量差异表达基因和估计罗斯福和gene-specific统计等表达分数和当地罗斯福的差异表达基因。
总结(对象,δ= NULL, n。数字= 4,= "都",entrez = FALSE,芯片= "文件= ",9 =“t \”,引用= FALSE, 12月=“。”)
对象 |
山姆对象 |
δ |
0和1之间的数值指定最低后验概率称为差异表达的基因 |
n.digits |
一个整数指定小数点后的数字输出 |
什么 |
“两个”,“统计数据”或“基因”。如果“统计数据”的一般信息。如果“基因”gene-specific信息。如果“两”通用和gene-specific信息显示 |
可以 |
合乎逻辑的。如果真正的可以链接和符号的基因将被添加到输出 |
芯片 |
字符串命名这个分析中使用的芯片类型。只需要如果entrez = TRUE。如果输入的find.a0或ebam是一个ExpressionSet对象,芯片不需要指定 |
文件 |
字符串命名的文件应该存储的信息。默认情况下没有存储的信息,但R窗口所示 |
9月 |
字段分隔符的字符串存储在输出时使用文件 |
报价 |
逻辑表明如果字符串和因素应该被双引号包围。详情,请参阅帮助页write.table |
12月 |
字符串使用小数点 |
的输出总结是一个sumEBAM对象包含以下位置:
row.sig.genes |
数字指定的数据矩阵的行向量包含差异表达基因 |
mat.fdr |
一个矩阵包含一般信息估计罗斯福和差异表达基因的数量 |
mat.sig |
一个数据帧包含gene-specific差异表达基因的信息 |
list.args |
包含的参数列表总结需要内部使用 |
Holger Schwender,holger.schw@gmx.de
埃夫隆,B。Tibshirani, R。层,J.D.和獠牙,诉(2001)。经验贝叶斯分析微阵列实验,JASA,96,1151 - 1160。
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