询问你的数据时容易能够做到动态交互。与包闪亮的和shinydashboard它是简单的创建一个交互式仪表板正是出于这个目的。在这里我们将与来自外周单核细胞的单个细胞数据(PBMCs)中存储pbmc_small修拉对象(可以找到的修拉包)。
首先我们创建一个六边形细胞表现也使数据帧存储集群标签的位置。
现在是很容易创建一个简单的闪亮的仪表板你可以想象每一个基因的基因表达数据集。运行函数后,初始化应用程序的运行应用程序。
应用< -shinyApp(服务器=函数(输入、输出){输出美元all_genes < -renderUI({selectInput(inputId =“基因”,标签=“基因”,选择=rownames(pbmc_small))})输出美元plot1 < -renderPlot({plot_hexbin_meta(pbmc_small“RNA_snn_res.0.8”,action =“大多数”,title =“集群”)+指南(填补=假)+ggrepel::geom_label_repel(data =df_label,aes(x =x,y =y,标签=标签),颜色=“黑色”,label.size =NA,填补=NA)})输出美元plot2 < -renderPlot({plot_hexbin_feature(pbmc_small类型=输入美元类型,特点=输入美元的基因,action =输入美元行动,title =输入美元基因)})},ui =dashboardPage(皮肤=“紫色”,dashboardHeader(),dashboardSidebar(uiOutput(“all_genes”),radioButtons(“类型”,”类型的表情:“,c(“原始”=“计数”,“归一化”=“数据”)),radioButtons(“行动”,“使用:总结”,c(“比例不是0”=“prop_0”,“的意思是”=“的意思是”,“中值”=“中值”))),dashboardBody(fluidRow(盒子(plotOutput(“plot1”,宽度=450年,身高=400年),宽度=6),盒子(plotOutput(“plot2”,宽度=500年,身高=400年),宽度=6)))))的iSEE包提供生成交互式会话的另一种方式来询问你的数据在一个web浏览器。但是为了使用schex情节需要提供一个自定义函数,对象的工作SummerizedExperiment类。的SingleCellExperiment类从这个类继承了所有功能,因此可以使用。
pbmc_small < -as.SingleCellExperiment(pbmc_small)pbmc_small < -make_hexbin(pbmc_smallnbins =10,dimension_reduction =“主成分分析”)plot_hexbin_gene_new < -函数(预计,行=零,rownames =字符(0),列=零,类型=“logcounts”,action =“prop_0”){plot_hexbin_feature(预计,类型=类型,特点=rownames,action =动作)}只是现在告诉关于schex,使用以下。运行功能后,初始化应用程序的运行应用程序。
schex_plot_gene < -customDataPlotDefaults(pbmc_small1)schex_plot_gene美元函数< -“plot_hexbin_gene_new”schex_plot_gene美元参数< -“类型数\ n行动prop_0\ nrownames ODC1”schex_plot_gene美元ColumnSource < -“零”schex_plot_gene美元RowSource < -“零”schex_plot_gene美元DataBoxOpen < -真正的应用< -iSEE(pbmc_small,customDataArgs =schex_plot_gene,initialPanels =DataFrame(Name =c(“自定义数据图1”),宽度=c(12)),customDataFun =列表(plot_hexbin_gene_new =plot_hexbin_gene_new))不幸的是在iSEE应用程序块不能改变显示不同的基因一样方便shinydashboards。如果你想还一个不同的基因需要编辑框如下: