# #——前,呼应= FALSE,结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(knitr)美元opts_chunk组(警告= FALSE,消息= FALSE,缓存= TRUE) # #——风格,呼应= FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - BiocStyle::减价()# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -图书馆(rrvgo) go_analysis < read.delim(执行(“extdata / example.txt”、包=“rrvgo”)) simMatrix < - calculateSimMatrix (go_analysis $ ID, orgdb = " org.Hs.eg。位于安大略省db”=“英国石油公司”,方法= " Rel”) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -分数< - setNames (log10 (go_analysis qvalue美元),go_analysis $ ID) reducedTerms <——reduceSimMatrix (simMatrix、分数、阈值= 0.7,orgdb =“org.Hs.eg.db”) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - heatmapPlot (simMatrix、reducedTerms annotateParent = TRUE, annotationLabel =“parentTerm”字形大小= 6)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -散点图(simMatrix reducedTerms) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # treemapPlot (reducedTerms) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - wordcloudPlot (reducedTerms min.freq = 1,颜色=“黑色”)# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # rrvgo:: shiny_rrvgo () # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # my_new_fancy_orgdb_object < - org.Zz.eg。db的# hsGO < - GOSemSim: godata(位于安大略省my_new_fancy_orgdb_object = MF) # # - - - - -引用- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -引用(rrvgo) # #——回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()