2.1PXDataset对象

中央处理数据访问对象是PXDataset(版本2)类。这样的一个实例可以通过生成一个有效的标识符的PX实验PXDataset ()构造函数。

图书馆(rpx) id < -“PXD000001 px < - PXDataset (id)

# #从缓存加载PXD000001。

px

# # # #项目PXD000001有11个文件

# #资源ID BFC82 /home/biocbuild/.cache/R/rpx.缓存

# # F063721 [1]。dat的……erwinia_carotovora [11]。fasta' ## Use 'pxfiles(.)' to see all files.

2.2数据和元数据

可以从几个属性PXDataset项目,如下所述。

最初的实验标识符,用于创建项目可以提取pxid ()方法:

pxid(像素)

# # [1]“PXD000001”

数据文件的文件传输url可以可以查询与访问pxurl ()方法:

pxurl(像素)

# # [1]“ftp://ftp.pride.ebi.ac.uk/pride/data/archive/2012/03/PXD000001”

该物种数据生成数据可以得到调用pxtax ()功能:

pxtax(像素)

# # [1]“Erwinia carotovora”

可以查询的相关书目引用pxref ()方法:

strwrap (pxref (px))

# #[1]”与L Christoforou;使用R和Bioconductor蛋白质组学数据分析“# # [2]”。,Biochim Biophys学报,2013年5月18日,“# #”[3]doi: 10.1016 / j.bbapap.2013.04.032 PMID: 23692960”

所有文件可用的PX试验可以获得的pxfiles方法:

pxfiles(像素)

# #项目PXD000001文件(11):# #(远程)F063721。dat # #(本地)F063721.dat-mztab。txt # #(远程)PRIDE_Exp_Complete_Ac_22134.xml。广州# #(远程)PRIDE_Exp_mzData_Ac_22134.xml。广州# #(远程)PXD000001_mztab。txt # #(远程)自述。txt # #(本地)tmt_erwinia_1ulsike_top10hcd_isol2_45stepped_60min_01 - 20141210。mzML # #(远程)tmt_erwinia_1ulsike_top10hcd_isol2_45stepped_60min_01 - 20141210。mzXML # #(本地)TMT_Erwinia_1uLSike_Top10HCD_isol2_45stepped_60min_01。mzXML # #(远程)TMT_Erwinia_1uLSike_Top10HCD_isol2_45stepped_60min_01。生# #……

完全或部分数据集可以与下载pxget ()函数。函数接受一个项目实例作为第一个强制参数。

下一个参数,列表,下载指定文件。如果丢失,打印菜单,用户可以选择一个文件。如果设置为“所有”,实验的所有文件下载。多个文件名,指数或逻辑值也可以用来下载特定的文件。

f < - pxget (px,“F063721.dat-mztab.txt”)

# #加载F063721.dat-mztab。txt从缓存中。

f

# # [1]“/ home / biocbuild / .cache / R / rpx / 9 a36f388a954a_f063721.dat-mztab.txt”

的rpx包使用BiocFileCache包,以避免反复节目下载数据。当PXDataset创建项目并和项目文件被下载,它们存储在包的中央或一个用户定义的缓存。下次项目实例化PXDataset ()或一个项目文件下载pxget (),现有的文物将从缓存检索,而不是创建/从远程服务器下载。看到rpxCache ?对缓存的详细信息。

2.3一个简单的用例

下面,我们从PXD000001下载fasta文件数据集和负载Biostrings包。

fas < - grep (“fasta pxfiles (px)值= TRUE)

# #项目PXD000001文件(11):# #(远程)F063721。dat # #(本地)F063721.dat-mztab。txt # #(远程)PRIDE_Exp_Complete_Ac_22134.xml。广州# #(远程)PRIDE_Exp_mzData_Ac_22134.xml。广州# #(远程)PXD000001_mztab。txt # #(远程)自述。txt # #(本地)tmt_erwinia_1ulsike_top10hcd_isol2_45stepped_60min_01 - 20141210。mzML # #(远程)tmt_erwinia_1ulsike_top10hcd_isol2_45stepped_60min_01 - 20141210。mzXML # #(本地)TMT_Erwinia_1uLSike_Top10HCD_isol2_45stepped_60min_01。mzXML # #(远程)TMT_Erwinia_1uLSike_Top10HCD_isol2_45stepped_60min_01。生# #……

fas

# # [1]“erwinia_carotovora.fasta”

f < - pxget (px, fas) # #文件中可用rpx缓存

# #加载erwinia_carotovora。fasta从缓存中。

f

# # [1]“/ home / biocbuild / .cache / R / rpx / 9 a36f45bb44b1_erwinia_carotovora.fasta”

库(Biostrings) readAAStringSet (f)

# # AAStringSet对象长度4499:# #宽度seq名字# # [1]147 MADITLISGSTLGSAEYVAEHL…QHQIPEDPAEEWLGSWVNLLK ECA0001假定的……# # [2]153 VAEIYQIDNLDRGILSALMENA…EIQSTETLISLQNPIMRTIAP ECA0002 AsnC-fami……# # [3]330 MKKQYIEKQQQISFVKSFFSSQ…IGQVQCGVWPQPLRESVSGLL ECA0003假定的……# # [4]492 MITLESLEMLLSIDENELLDDL…WRFDTGLKSRLMRRWQHGKAY ECA0004守恒的……# # [5]499 MRQTAALAERISRLSHALEHGL…AKIEASLQQVAEQIQQSEQQD ECA0005守恒的……# #……… ## [4495] 634 MSDKIIHLTDDSFDTDVLKADG...RRKVDPLRVFASDMARRLELL trx-rv3790 trx-rv... ## [4496] 93 MTKMNNKARRTARELKHLGASI...RELRDEFPMGYLGDYKDDDDK TimBlower TimBlower ## [4497] 309 MFSNLSKRWAQRTLSKSFYSTA...KFKWAGIKTRKFVFNPPKPRK sp|P07143|CY1_YEA... ## [4498] 231 FPTDDDDKIVGGYTCAANSIPY...PGVYTKVCNYVNWIQQTIAAN sp|P00761|TRYP_PI... ## [4499] 269 GVSGSCNIDVVCPEGNGHRDVI...DAAGTGAQFIDGLDSTGTPPV sp|Q7M135|LYSC_LY...