# #——风格,呼应= FALSE,警告= FALSE,消息= FALSE,结果=“黑名单”——BiocStyle:减价()库(knitr) # #——loadingPackage警告= FALSE,消息= FALSE ----------------------------- 库(methInheritSim) # #——caseStudy01警告= FALSE,消息= FALSE,崩溃= TRUE ----------------- ## 加载读DMS数据集(而不是在这种情况下,一般来说)数据(samplesForChrSynthetic) # #打印对象的前三行头部(samplesForChrSynthetic, n = 3) # #——runSim01,warning=FALSE, message=FALSE, collapse=TRUE, cache=TRUE-------- ##模拟相关文件的保存目录temp_dir <- "test_runSim" ##运行模拟runSim(methData = samplesForChrSynthetic， #数据集用于生成#合成chr。nbSynCHR = 1, #合成染色体的数目nbSimulation = 2, #的数量为每个参数模拟nbBlock = 10, nbCpG = 20, # #合成所对应的站点数量nbBlock * nbCpG nbGeneration = 3, #必须提供至少2代vNbSample = c(3、6),#的数量控制(=病例数)#每个模拟vpDiff = c(0.9),以# #的意思是样品的比例差异甲基化vpDiffsd = c值(0.1),# vpDiff相关的标准偏差vDiff = c(0.8)， #差异甲基化位点c /T比值均值的偏移vInheritance = c(0.5)， #遗传差异甲基化位点的比例propInherite = 0.3， #遗传差异甲基化位点的比例rateDiff = 0.3， #差异甲基化位点的平均频率minRate = 0.2，# #不同甲基化网站的最低比率propHetero = 0.5,为以下# #减少vDiff代keepDiff = FALSE, #当假的,差异甲基化#网站是相同的在所有模拟outputDir = temp_dir #目录文件保存文件标识=“S1”,runAnalysis = TRUE, nbCores = 1, vse = 32) #解决种子不能生殖的结果dir (temp_dir) # # #所生成的文件——removeFiles警告= FALSE,消息= FALSE,崩溃= TRUE,echo=FALSE----- if (dir.exists(temp_dir)) {unlink(temp_dir, recursive =TRUE, force =FALSE)} ## ----合成染色体synticchr, warning=FALSE, message=FALSE, collapse=TRUE, cache=TRUE---- ##合成染色体synticchr <- readRDS("demo_runSim/syntheticChr_S1_1.rds") ## GRanges格式，只有Cpg present head(syntheticChr, n=3) ## ----simData, warning=FALSE, message=FALSE, collapse=TRUE，cache=TRUE--------- ####仿真数据集simData <- readRDS("demo_runSim/simData_S1_1_3_0.9_0.8_0.5_1.rds") ####第一代F1头信息(simData[[1]]， n=3) ####第二代F2头信息(simData[[2]]， n=3) ## ----stateDiff, warning=FALSE, message=FALSE, collapse=TRUE, cache=TRUE------- #### DMS状态信息stateDiff <- readRDS("demo_runSim/stateDiff_S1_1_3_0.9_0.8_0.5_1.rds") ####在stateDiff中，DMS的位置是由1 # # # #在stateInherite,继承了DMS的位置表示1头(stateDiff) # #——methylGR警告= FALSE,消息= FALSE,崩溃= TRUE,缓存= TRUE -------- #### 原始的甲基化数据在农庄methylGR < - readRDS(“demo_runSim / methylGR_S1_1_3_0.9_0.8_0.5_1.rds”)# # # #的第三个示例第一代头(methylGR [[1]] [[3]], n = 3) # # # #第三代头的第四个样本(methylGR [[3]] [[4]], n = 3) # #——治疗,警告= FALSE,消息= FALSE,崩溃= TRUE,缓存= TRUE ------- #### 信息控制和病例治疗< - readRDS(“demo_runSim / treatment_S1_1_3.rds”)# # # # 0 =控制,1 =情况下,长度=数量的样本头(治疗)# #——methylObj警告= FALSE,消息= FALSE,崩溃= TRUE,缓存= TRUE ------- ## 原始的甲基化数据methylObj < - readRDS(“demo_runSim / methylObj_S1_1_3_0.9_0.8_0.5_1.rds”)# # # #第三个示例的第一代头(methylObj [[1]] [[3]],n = 3) ####第三代头的第四个样本(methyllobj [[3]][[4]]， n = 3) ## ----meth, warning=FALSE, message=FALSE, collapse=TRUE, cache=TRUE------------ ####多个样本中出现的甲基化事件meth <- readRDS("demo_runSim/ meth_s1_1_3_90 . _0.8_0. 1.rds") ####第代头中所有样本的信息(meth[[1]]， n = 3) ## ----methDiff, warning=FALSE, message=FALSE, collapse=TRUE， cache=TRUE-------- #### The differential methylation statistics methDiff <- readRDS("demo_runSim/methDiff_S1_1_3_0.9_0.8_0.5_1.rds") #### Information for the first generation head(methDiff[[1]], n = 3)