# # - - - - -设置,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(崩溃= TRUE,评论= " # >”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(mdp)数据(example_data) #表达式有基因名字行数据(example_pheno) #把数据需要一个样本列mdp和类。结果< - mdp (data = example_data pdata = example_pheno control_lab =“基线”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sample_scores_list < mdp。结果$ sample_scores #选择样本分数计算使用摄动基因sample_scores < - sample_scores_list [[“perturbedgenes”]]头(sample_scores) sample_plot (sample_scores control_lab =“基线”,title =“不安”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - zscore < mdp。结果美元zscore # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gene_scores < mdp。结果美元gene_scores gene_freq < - mdp。结果gene_freq头美元(gene_scores) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - perturbed_genes < mdp。结果perturbed_genes # #美元——结果=‘隐藏’,无花果。显示= '隐藏' - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - file_address < -系统。文件(“extdata”、“ReactomePathways。格林尼治时间”,包= mdp)路径< - fgsea:: gmtPathways mdp (file_address)。结果< - mdp (data = example_data pdata = example_pheno control_lab =“基线”,途径=通路)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头sample_scores < - mdp (mdp.results通路美元)。结果$ sample_scores[[“干扰素α/β信号”]]sample_plot (sample_scores control_lab =“基线”,title =“干扰素a / b”) # # =“隐藏”——结果,无花果。显示= '隐藏' - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - mdp。结果< - mdp (data = example_data pdata = example_pheno control_lab =“基线”,衡量=“的意思是”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - control_samples < - example_pheno [example_pheno类= =美元“基线”,“Sample”] zscore < - compute_zscore (data = example_data control_samples = control_samples测量=“的意思是”,std = 2)