### R代码从vignette源代码的intansvOverview。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:选项 ################################################### 选项(宽度= 72 ) ################################################### ### 代码块2号:biocManager (eval = FALSE ) ################################################### ## 如果(!requireNamespace(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # # install.packages(“BiocManager”)# # BiocManager::安装(“intansv ") ################################################### ### 代码块3号:初始化 ################################################### 图书馆(“intansv ") ################################################### ### 代码块数量4:读入跳霹雳舞的结果 ################################################### breakdancer.file.path < -执行(“extdata / ZS97.breakdancer。sv”,包= " intansv”)breakdancer.file.path霹雳舞< - readBreakDancer (breakdancer.file.path) str(跳霹雳舞 ) ################################################### ### 代码块5号:读入cnvnator的结果 ################################################### cnvnator.dir.path < -系统。文件(“extdata / cnvnator”、包=“intansv”)cnvnator.dir.path cnvnator < - readCnvnator (cnvnator.dir.path) str (cnvnator ) ################################################### ### 代码块6号:读入SVseq2的结果 ################################################### svseq.dir.path < -系统。文件(“extdata / svseq2”、包=“intansv”)svseq.dir.path svseq < - readSvseq (svseq.dir.path) str (svseq ) ################################################### ### 代码块7号:读入德尔的结果 ################################################### delly.file.path < -执行(“extdata / ZS97.DELLY。vcf”,包= " intansv”)delly.file.path del < - readDelly (delly.file.path) str(德尔 ) ################################################### ### 代码块8号:读入Pindel的结果 ################################################### pindel.dir.path < -系统。文件(“extdata / pindel”、包=“intansv”)pindel.dir.path pindel < - readPindel (pindel.dir.path) str (pindel ) ################################################### ### 代码块9号:读入块状的结果 ################################################### lumpy.file.path < -执行(“extdata / ZS97.LUMPY。vcf”,包= " intansv”)lumpy.file.path粗笨的< - readLumpy (lumpy.file.path) str(块状 ) ################################################### ### 代码块10号:读入softSearch的结果 ################################################### softSearch.file.path < -执行(“extdata / ZS97。softsearch”,包= " intansv”)softSearch.file.path softsearch < - readSoftSearch (softSearch.file.path) str (softsearch ) ################################################### ### 代码块11号:MethodsMerge ################################################### sv_all_methods < - methodsMerge(跳霹雳舞,pindel cnvnator,德尔,svseq) str (sv_all_methods ) ################################################### ### 代码块12号:MethodsMerge ################################################### sv_all_methods。cnvnator nopindel < - methodsMerge(跳霹雳舞,德尔,svseq) str (sv_all_methods.nopindel ) ################################################### ### 代码块13号:注释文件中读入R ################################################### anno.file.path < -执行(“extdata / chr05_chr10.anno.txt”、包=“intansv”)anno.file.path msu_gff_v7 < - read.table (anno.file。路径,头= TRUE,人群收税(msu_gff_v7 = TRUE) ) ################################################### ### 代码块14号:sv注释 ################################################### sv_all_methods。庵野< - llp (sv_all_methods、svAnnotation genomeAnnotation = msu_gff_v7)名称(sv_all_methods.anno)头(sv_all_methods.anno del美元 ) ################################################### ### 代码块数量15:genomic_distribution ################################################### genome.file.path < -执行(“extdata / chr05_chr10.genome.txt”、包=“intansv”)< - read.table (genome.file genome.file.path基因组。路径,头= TRUE,人群收税= TRUE) plotChromosome (sv_all_methods基因组,1000000 ) ################################################### ### 代码块数量16:region_visualization ################################################### 头(msu_gff_v7, n = 3) plotRegion (sv_all_methods msu_gff_v7,“chr05”,1,200000 ) ################################################### ### 代码块数量17:intansvOverview。Rnw: 309 - 310 ################################################### sessionInfo ()