# #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(崩溃= TRUE,评论= " # >”)# #——回声= FALSE,。宽度=“90%”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: include_graphics (steps.png) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #如果!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“epidecodeR”) # # - - - - -设置- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(epidecodeR) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - <系统事件。文件(“extdata”、“NOMO-1_ref_peaks。床”,包= " epidecodeR”)度<系统。文件(“extdata”、“FTOi。txt”,包= " epidecodeR”) epiobj <——epidecodeR(事件=事件,度=度,pval = 0.05, param = 3, int = c (2、4) # #——fig.width = 6, fig.height = 6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - makeplot (epiobj lim = c(-10年,10)、title =“m6A介导FTO抑制剂治疗后失调”,xlab =“log2FC”) # #——fig.width = 6, fig.height = 6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plot_test (epiobj, title =“m6A介导FTO抑制剂治疗后失调”,ylab =“log2FC”) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - <系统事件。文件(“extdata”、“eventcounts。txt”,包= " epidecodeR”) events_df <读。表(事件、头= TRUE row.names = NULL, stringsAsFactors = FALSE, 9 =“t \”,填补= TRUE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(events_df) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - <系统事件。文件(“extdata”、“NOMO-1_ref_peaks。床”,包= " epidecodeR”) peaks_df <读。表(事件、头= FALSE row.names = NULL, stringsAsFactors = FALSE, 9 =“t \”,填补= TRUE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(peaks_df) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(get_theoretical_table (epiobj)) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(get_empirical_table (epiobj)) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(get_grpcounts (epiobj)) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - grptables_list < -get_grptables (epiobj)头(grptables_list ' 0 '美元)头(grptables_list ' 1 '美元)头(grptables_list $ 2 to4)头(grptables_list $ 5 +) # #——fig.width = 6, fig.height = 6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - makeplot (epiobj lim = c(-10年,10)、title =“m6A介导FTO抑制剂治疗后失调”,xlab =“log2FC”) # #——fig.width = 6, fig.height = 6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plot_test (epiobj, title =“m6A介导FTO抑制剂治疗后失调”,ylab =“log2FC”) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()